Bohnické údolí bylo vyhlášeno jako chráněné území v roce 1982 o velikosti 4,6 hektarů s navazujícím ochranným pásmem o rozloze téměř 40 hektarů. Je tvořeno jižně orientovaným svahem v bočním zalesněném údolí Vltavy, v těsné návaznosti na městskou čtvrť Bohnice. Údolím protéká Bohnický potok pramenící na okraji staré zástavby, voda se v něm však objevuje pouze ojediněle. Předmětem ochrany jsou skalnaté svahy vystupujících mírně kyselých břidlic se společenstvy skalních stepí a teplomilných křovin.
Území má bohatou historii: v minulosti bývalo nespíše pastvinou, případně extenzivním sadem, později vinicí s vlastní vinařskou usedlostí. Po vzniku tehdejšího Ústavu pro choromyslné byla vinice v rámci pracovní terapie pacientů na začátku 20. století obnovena (révokazem byla zničena v roce 1912). Dodnes jsou v chráněném území patrné jak zbytky teras, tak i základy bývalé usedlosti Lísek.
Nejcennější jsou plochy skalních stepí s dominující kostřavou sivou (Festuca pallens) a tařicí skalní (Aurinia saxatilis subsp. arduini), z dalších druhů je možné zmínit netřesk výběžkatý (Jovibarba globifera), hvozdík kartouzek (Dianthus carthusianorum), sesel sivý (Seseli osseum), ale i chráněný křivatec český (Gagea bohemica), koniklec luční český (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica) nebo bělozářku liliovitou (Anthericum liliago). Na mírnějších výslunných svazích s nezapojenou vegetací přechází porosty skalních stepí v teplomilná společenstva s dominující kostřavou walliskou (Festuca valesiaca). Zvláště v pozdním létě, kdy je již většina druhů odkvetlá, jsou zde nepřehlédnutelné krásně žlutě kvetoucí úbory hvězdnice zlatovlásek (Galatella linosyris).
V lemových společenstvech a na sutích při úpatí skal se objevuje intenzivně vonící třemdava bílá (Dictamnus albus). Velká část území je pokrytá teplomilnými křovinami se skalníkem celokrajným (Cotonester integerrimus), dřišťálem obecným (Berberis vulgaris), jeřábem břekem (Sorbus torminalis), duby (Quercus petraea, Q. robur), hlohy (Crataegus spp.) a hojně se šířící trnkou obecnou (Prunus spinosa). V lesních porostech, zvláště v jižní a západní části území, se vyskytuje řada nepůvodních dřevin, zejména akát (Robinia pseudacacia), ale i dub červený (Quercus rubra) a vejmutovka (Pinus strobus).
Do budoucna je nezbytné pokračovat s vyřezáváním intenzivně se šířících keřů a dřevin a uvolňovat tak cenné části stepí a skal před postupným zarůstáním. Bez potřebných zásahů by se tyto porosty jinak postupně vyvinuly až ve společenstvo tolitových doubrav.
Vybrané druhy rostlin přírodní památky Bohnické údolí:
Anthericum liliago
Aurinia saxatilis subsp. arduinii
Berberis vulgaris
Cotonester integerrimus
Crataegus sp.
Dianthus carthusianorum
Dictamnus albus
Festuca valesiaca
Gagea bohemica
Galatella linosyris
Jovibarba globifera
Pinus strobus
Prunus spinosa
Pulsatilla pratensis subsp. bohemica
Quercus petraea
Quercus robur
Quercus rubra
Robinia pseudacacia
Seseli osseum
Sorbus torminalis
Fotografováno v letech 2005 až 2008.