Nejproblematičtější částí legislativy, která se týká rostlin, je omezení jejich držby a prokázání původu u chráněných druhů. Zákaz či omezení držby vybraných druhů neřeší samostatný zákon, ale jsou obsaženy v několika zákonných nařízeních:

1) Trestní zákoník
Omezení držby rostlin s psychotropními či omamnými účinky je bohatě diskutováno především vzhledem ke sbírkám kaktusů, ale týká se i celé řady jiných rostlin. Vlastníctví menšího množství je řešeno jako přestupek.
O nulové shovívavosti lze najít mnoho příkladů, především při pěstování konopí k léčebným účelům. Zatímco řada farmaceutických firem běžně konopí využívá, fyzická osoba s ním má velké problémy. Pokud se v některé zákonné normě neobjeví, že trvale sbírkové rostliny jsou vyjmuty z působnosti tohoto zákona, bude na jednotlivých úřednících, policii a soudech, jak který případ vyhodnotí.
Podobně by mohla být v budoucnosti omezena držba jedovatých rostlin a rostlin s vysokým obsahem steroidů.
Vysazení a pěstování jedovatých rostlin (štědřenec – Laburnum aj.) tam, kde hrozí jejich konzumace především malými dětmi (zeleň kolem školek, škol a dětských hřišt, domácnosti s malými dětmi), může naplňovat skutkovou podstatu § 147 Těžké ublížení na zdraví z nedbalosti nebo § 273 Obecné ohrožení z nedbalosti. V praxi ale se zřejmě nepoužívá.

2) Rostlinolékařské zákony
Rostlinolékařské zákony zakazují držbu rostlin napadených karanténními chorobami a škůdci a tím brání jejich následnému šíření. Pochopitelné především u neléčitelných chorob jako jsou virózy a bakteriózy.

3) Pěstování nepůvodních druhů
Podle § 5 zákona 114/1992 Sb. platí zákaz záměrného rozšíření geograficky nepůvodního druhu rostliny či živočicha do krajiny (výjimky jsou v rámci zemědělství a produkčního lesnictví či po schválení orgánu ochrany přírody). Geograficky nepůvodní druh rostliny nebo živočicha je druh, který není součástí přirozených společenstev určitého regionu.
Záměrné rozšiřování je tedy výsadba nepůvodního druhu do volné krajiny, kde hrozí jeho zplanění. Zákon je obecný a velice často obcházen, takže nemůže bránit zplanění a následnému šíření invazivních druhů. Svědčí tomu výsadby především v okolí liniových staveb – silnic a dálnic, ve kterých se stále běžně používají invazivní nepůvodní druhy dřevin (např. Amorpha fruticosa), do přírody vysazují rychle se šířící rostliny i nezodpovědní jednotlivci (Opuntia sp. aj.).

4) Držba zvláště chráněných rostlin
Zvláště chráněné rostliny jsou chráněny ve všech svých podzemních a nadzemních částech a všech vývojových stádiích; chráněn je rovněž jejich biotop. Je zakázáno tyto rostliny sbírat, trhat, vykopávat, poškozovat, ničit nebo jinak rušit ve vývoji. Je též zakázáno je držet, pěstovat, dopravovat, prodávat, vyměňovat nebo nabízet za účelem prodeje nebo výměny (§ 49 zákona 144/1992 Sb. Základní podmínky ochrany zvláště chráněných rostlin). Ustanovení se na rostliny nevztahuje, pokud:
a) rostou přirozeně uvnitř jiných kultur a jsou-li ničeny, poškozovány nebo rušeny v přirozeném vývoji v souvislosti s běžným obhospodařováním těchto kultur (neplatí pro druhy kriticky a silně ohrožené – pozn. editora),
b) jsou pěstovány v kulturách získaných povoleným způsobem,
c) pocházejí z dovozu a nejsou předmětem ochrany podle mezinárodních úmluv.
Z připravované novely zákona o ochraně přírody byl vyřazen paragraf umožňující zakázat držbu vybraných chráněných organismů, které nejsou domácí (výběr organismů by zřejmě navrhovala vláda), jak je tomu např. v Německu a na Slovensku. Přesto však podle § 54 zákona 114/1992 Sb je bez prokázání původu zakázáno zvláště chráněnou rostlinu nebo rostlinu chráněnénou podle mezinárodních úmluv nebo podle zvláštního právního předpisu o dovozu a vývozu ohrožených druhů držet.

5) Bernská úmluva
Každá smluvní strana přijme vhodná a potřebná právní a správní opatření k zajištění zvláštní ochrany druhů planě rostoucích rostlin uvedených v Příloze I. Záměrné sbírání, trhání, odřezávání nebo vytrhávání i s kořeny je u takových rostlin zakázáno. Každá smluvní strana podle potřeby zakáže držení nebo prodej těchto druhů.

6) Držba částí rotlin
Stejně jako zvláště chráněný živočich nebo zvláště chráněná rostlina je chráněn i mrtvý jedinec tohoto druhu, jeho část nebo výrobek z něho, u něhož je patrné z průvodního dokumentu, obalu, značky, etikety nebo z jiných okolností, že je vyrobena z částí takového živočicha nebo rostliny (zákon 114/1992 Sb). Jedná se tedy o herbáře, čajové smesi a další léčivé přípravky, dřeva, dýhy, DNA apod.

7) Držba GMO
Je zakázána držba geneticky pozměněných organismů (GMO), které nebyly schválené pro užití v EU.

Prokázání původu
Prokázání původu řeší § 54 zákona 114/1992 Sb. O ochraně přírody a krajiny.
(1) Kdo drží, chová, pěstuje, dopravuje, prodává, vyměňuje, nabízí za účelem prodeje nebo výměny nebo zpracovává zvláště chráněnou rostlinu, zvláště chráněného živočicha nebo rostlinu a živočicha chráněného podle mezinárodních úmluv nebo podle zvláštního právního předpisu 4a) o dovozu a vývozu ohrožených druhů, je povinen na výzvu orgánu ochrany přírody prokázat jejich zákonný původ (povoleným dovozem, povoleným odebráním z přírody nebo sběrem, pěstováním v kultuře nebo povoleným odchovem z jedinců s původem prokázaným podle tohoto ustanovení a podobně). Bez tohoto prokázání původu je zakázáno zvláště chráněnou rostlinu nebo živočicha nebo rostlinu a živočicha chráněného podle mezinárodních úmluv nebo podle zvláštního právního předpisu 4a) o dovozu a vývozu ohrožených druhů držet, chovat, pěstovat, dopravovat, prodávat, vyměňovat a nabízet za účelem prodeje nebo výměny. U nezaměnitelně označených nebo identifikovatelných jedinců pravomocně odebraných podle § 89 nebo podle zvláštního právního předpisu 4a) o dovozu a vývozu ohrožených druhů se za zákonný původ považuje pravomocné rozhodnutí o odebrání.
2) Výjimku ze zákazů u zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů lze povolit:
a) v zájmu ochrany volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin a ochrany přírodních stanovišť,
b) v zájmu prevence závažných škod, zejména na úrodě, dobytku, lesích, rybolovu, vodách a ostatních typech majetku,
c) v zájmu veřejného zdraví nebo veřejné bezpečnosti nebo z jiných naléhavých důvodů převažujícího veřejného zájmu, včetně důvodů sociálního a ekonomického charakteru a důvodů s příznivými důsledky nesporného významu pro životní prostředí,
d) pro účely výzkumu a vzdělávání, opětovného osídlení určitého území populací druhu nebo opětovného vysazení v původním areálu druhu a chovu a pěstování nezbytných pro tyto účely, včetně umělého rozmnožování rostlin,
e) v případě zvláště chráněných druhů ptáků pro odchyt, držení nebo jiné využívání ptáků v malém množství.

Prokázání původu je jeden z nejproblematičtějších paragrafů ochrany přírody. Jeho zavedení je pochopitelné. Češi jsou proslulí a úspěšní pašeráci rostlin. A protože celní zadržení představují jen zlomek z množství pašovaných rostlin, mohl by být tento paragraf účinným nástrojem v boji za záchranu přírody.
Již však při letmém nahlédnutí do seznamů chráněných druhů zjistíme, o jaké obrovské množství druhů se jedná (všechny kaktusy, prakticky všechny orchideje včetně většiny hybridů, mnohé cibuloviny, skalničky, zahradní trvalky). A při procházce ve městě zjistíme, ža za mnohým oknem kvete orchidej či roste nějaký ten kaktus. A chráněné druhy rostlin jsou na každé druhé zahrádce. Je jasné, že důkladná kontrola dodržování zákona je nemožná. Naštěstí orgány, které kontroly provádějí (ČIŽP, celníci, policie), se chovají rozumně a obvykle jdou po známých firmách. Tím došlo k paradoxní situaci, že většina pašeráků na své rostliny má náležité doklady, zatímco řadový občan, který si koupí balíček sněženek či orchideje v obchodním domě, nejenom že doklad nemá, ale ani ho mít nemůže, protože na účtence je obvykle napsáno Orchidej cenová skupina B, což není jasné, obhájitelné a nezaměnitelné taxonomické označení. Při nákupu CITESových zvířat dostanete informaci, že zvíře je chráněné, jak ho registrovat a pro nemožnost záměny je označeno čipem. U rostlin tomu tak není.

  • Protože seznamy chráněných druhů nejsou konečné, je možné je doplňovat a měnit (jak je tomu např. u CITES ), jedná se snad o jediný zákon s retrospektivní účinností.
  • Prokázání původu nahrazuje nutnost, aby kontrolní orgán podal důkaz o nezákonném získání organismu – dovozu přes hranice, odebrání z přírody – tím, že původ svých rostlin musí prokázat majitel. Může se zdát, že zákon nectí presumpci neviny, tj. zákon nepohlíží na rostliny v kultuře jako na legální, a na jejich držitele jako na nevinné, pokud státní orgány neprokáží opak. Protože však zákon po provedených změnách zakazuje samotnou držbu, nejedná se o porušení presumpce neviny.
  • Některé druhy rostlin zařazených do CITES je možné sbírat a dovážet jako semena, ale není možné je vlastnit jako vzrostlé jedince. Jak se dodatečně prokáže, jestli rostlina byla dovezena jako semeno či vzrostlý jedinec?

Je v podstatě také evidentní, že faktury za rostliny je nutné archivovat navždy, protože nikdy nevíte, které rostliny přibudou na seznamy chráněných druhů a kdy některý z vašich vnuků bude muset prokázat původ třeba i křivatce žlutého ve své skalce.