Nejstrmější skalnaté stráně tzv. Černé skály na pravém břehu Vltavy, ohraničené na severu zámečkem Jabloňka a na jihu Povltavskou ulicí, tvoří jádro přírodní památky Jabloňka, jejíž součástí je i přilehlý les a stepní svahy nad skalní stěnou.
Geologický podklad tvoří usazeniny prvohorního moře, které vznikaly v období ordoviku před více než 470 miliony lety. V západní části území, v místě bývalého lomu, to jsou skalecké křemence dobrotivského souvrství představované jemnozrnnými křemenci a křemitými pískovci s vložkami břidlic. Blíže k vysokoškolským kolejím vystupují na povrch mladší písčité břidlice dobrotivského souvrství. V průběhu variského vrásnění (které započalo ve středním devonu před 370 miliony lety) byly vrstvy vyvrásněny až do současného téměř kolmého úklonu. V křemencích jsou místy patrné zkamenělé stopy po činnosti organismů, zpravidla jako chodby vzniklé lezením (ichnofosilie). Lom v západní části chráněného území byl využíván příležitostně v průběhu 19. století pro těžbu kamene na výstavbu a opravu budov v blízkém okolí.
Charakter skalnatého výchozu byl do značné míry ovlivňován a modelován řekou Vltavou. Na katastrální mapě z roku 1840 je při úpatí Černé skály (Jabloňky) zakresleno jedno z četných vltavských ramen procházející zhruba dnešní Povltavskou ulicí a končící u dnešní lávky pro pěší pod Trojským zámkem. Toto později slepé říční rameno existovalo ještě v první polovině 20. století.
Na nejstrmějších skalnatých svazích se vyskytuje teplomilné společenstvo s kostřavou sivou (Festuca pallens) a s nápadně zjara žlutě kvetoucí tařicí skalní (Aurinia saxatilis). Ze zajímavějších druhů k nim přistupuje jestřábník bledý (Hieracium schmidtii) a vzácný chlupáček hadincovitý (Pilosella echioides). Naposledy v polovině sedmdesátých let 20. století zde byl pozorován chráněný koniklec luční český (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica).
Na mírnějších svazích nad skalní stěnou roste společenstvo trýzele škardolistého (Erysimum crepidifolium) a kostřavy walliské (Festuca valesiaca). V něm je významný výskyt pelyňku pontického (Artemisia pontica), hojněji rozšířeném až v Českém středohoří, a omanu německého (Inula germanica). Oba druhy se do střední Evropy rozšířily od východu z jihoukrajinských a jihoruských stepí (tj. z oblastí s horkým a suchým létem a velmi chladnou zimou) v klimaticky příznivějších obdobích čtvrtohor. Přírodní památka Jabloňka tak tvoří jeden z nejzažších výběžků jejich celkového rozšíření. Z dalších chráněných a ohrožených druhů stojí za zmínku výskyt bělozářky liliovité (Anthericum liliago), chrpy chlumní (Centaurea triumfettii subsp. axillaris) a pozdě v létě kvetoucí hvězdnice zlatovlásek (Galatella linosyris).
Do prostoru výslunných teplomilných trávníků se šíří porosty teplomilných keřů s trnkou (Prunus spinosa), růží šípkovou (Rosa canina), hrušní polničkou (Pyrus pyraster) a dalšími i nepůvodními druhy, např. se šeříkem obecným (Syringa vulgaris) nebo mahonií cesmínolistou (Mahonia aquifolium).
Při okrajích chráněného území roste druhotná teplomilná doubrava s chudým bylinným patrem. V něm převládá lipnice hajní (Poa nemoralis), netýkavka malokvětá (Impatiens parviflora), metlička křivolaká (Avenella flexuosa) a další běžné druhy.
Vybrané druhy rostlin přírodní památky Jabloňka:
Anthericum liliago
Artemisia pontica
Aurinia saxatilis
Avenella flexuosa
Centaurea triumfettii subsp. axillaris
Erysimum crepidifolium
Festuca pallens
Festuca valesiaca
Galatella linosyris
Hieracium schmidtii
Impatiens parviflora
Mahonia aquifolium
Pilosella echioides
Poa nemoralis
Prunus spinosa
Pulsatilla pratensis subsp. bohemica
Pyrus pyraster
Rosa canina
Syringa vulgaris
Teucrium chamaedrys
Fotografováno v letech 2005 až 2008.