Území hlavního města Prahy má v řadě ohledů výjimečné postavení. Na jedné straně v něm nalézáme až překvapivě vysokou diverzitu přírodních poměrů, na druhé straně však také husté zalidnění, rozvinutý průmysl a především největší urbanizované plochy českých zemí včetně komunikačních sítí.
Praha
Pestrost přírody Prahy podmiňuje souběh celé řady vzájemně propojených faktorů. Mezi jinými jsou to říční koridory směřují do území Prahy ze všech stran, dále zde probíhá styk velkých geologických jednotek, které se následně odpovídajícím způsobem projevují i ve vegetaci. V oblasti Prahy je vyvinuto několik ekofenoménů, které jsou odvozeny od geologických a geomorfologických poměrů a podmiňují utváření živé přírody; nejvýznamnější je říční ekofenomén v kaňonovitých údolích (zejména kaňonovité údolí řeky Vltavy, názorný příklad vytvořil také Šárecký potok v Divoké Šárce), dále krasový v Českém krasu a také ekofenomén vrcholový.
Praha
Přírodní celky na území Prahy lze rozdělit do několika kategorií: především to jsou vlastní zvláště chráněná území, prvky tzv. územního systému ekologické stability a významné krajinné prvky. Na území Prahy jsou také plochy evidované jako potencionální evropsky významné lokality, tj. území navržené do soustavy NATURA 2000. Zatímco na kategorie přírodních parků, prvků územního systému ekologické stability a významné krajinné prvky se vztahuje režim obecné ochrany, jsou chráněná území vyhlášena v režimu tzv. zvláštní ochrany jako přírodovědecky či esteticky velmi významná nebo jedinečná území.
Praha
Na území Prahy se nacházejí zvláště chráněná území kategorie přírodní rezervace, přírodní památka a národní přírodní památka.

Zvláště chráněná území Prahy, u nichž je příslušným orgánem ochrany přírody Magistrát hlavního města Prahy:

PP Baba
PP Bažantnice v Satalicích
PP Bílá skála
PP Bohnické údolí
PP Branické skály
PP Cihelna v Bažantnici
PP Cikánka II
PP Ctirad
PP Čimické údolí
PR Divoká Šárka
PP Dolní Šárka
PP Havránka
PR Homolka
PP Housle
PP Hrnčířské louky
PP Cholupická bažantnice
PR Chuchelský háj
PP Chvalský lom
PP Jabloňka
PP Jenerálka
PP Kalvárie v Motole
PR Klánovický les – Cyrilov
PP Královská obora
PP Krňák
PP Ládví
PP Letenský profil
PP Lítožnice
PP Meandry Botiče
PP Milíčovský les a rybníky
PP Modřanská rokle
PP Motolský ordovik
PR Mýto
PP Nad mlýnem
PP Nad závodištěm
PP Obora Hvězda
PP Obora v Uhříněvsi
PP Okrouhlík
PP Opatřilka – Červený lom
PP Opukový lom Přední Kopanina
PP Ortocerový lůmek
PP Pecka
PP Petřínské skalky
PP Pitkovická stráň
PP Počernický rybník
PP Pod školou
PP Pod Žvahovem
PP Podbabské skály
PR Podhoří
PP Podolský profil
PP Pražský zlom
PR Prokopské údolí
PP Prosecké skály
PP Radotínské skály
PP Rohožník – lom v Dubči
PP Salabka
PP Sedlecké skály
PP Skalka
PR Slavičí údolí
PP Střešovické skály
PR Šance
PP Trojská
PP U Branického pivovaru
PP U Hájů
PP U Závisti
PP Údolí Kunratického potoka
PR Údolí Únětického potoka
PP V Hrobech
PP Velká skála
PP Vidoule
PR Vinořský park
PP Vizerka
PR V Pískovně
PP Xaverovský háj
PP Zámky
PP Zlatnice
PP Zmrzlík
PP Železniční zářez

Praha

Zvláště chráněná území Prahy, u nichž je příslušným orgánem ochrany přírody Ministerstvo životního prostředí

NPP Barrandovské skály
NPP Černá rokle
NPP Cikánka I
NPP Dalejský profil
NPP Lochkovský profil
NPP Požáry
NPP U Nového mlýna

Praha
Chráněná krajinná oblast Český kras byla vyhlášena výnosem Ministerstva kultury ČSR ze dne 12. dubna 1972 na území o rozloze 12 823 ha. Mimo Prahu zasahuje také do okresů Beroun a Praha-západ ve Středočeském kraji. Český kras je jedinečné území především z hlediska světové geologie, stratigrafie siluru a devonu a výzkumu vývoje života v těchto obdobích. Je to rovněž největší vápencové území v Čechách, které se vyznačuje zachovalými rozsáhlými plochami společenstev skalních stepí, lesostepí a listnatých lesů s velmi bohatou přirozenou květenou a zvířenou. Pestrost přírody je zde značně ovlivněna říčním a krasovým fenoménem. Řada druhů rostlin a bezobratlých živočichů se vyskytuje právě jenom v Českém krasu.

Zvláště chráněná území Prahy na území CHKO Český kras, u nichž je příslušným orgánem ochrany přírody Správa CHKO Český kras

PP Hvížďalka
PR Klapice
PR Radotínské údolí
PR Staňkovka

Praha
Území soustavy Natura 2000

Natura 2000 je soustava chráněných území, které vytvářejí na svém území podle jednotných pravidel všechny státy Evropské unie. Cílem této soustavy je zabezpečit ochranu těch druhů živočichů, rostlin a typů přírodních stanovišť, které jsou z evropského pohledu nejcennější, nejvíce ohrožené, vzácné či svým výskytem vázané jen na určitou oblast (endemické).
Na území Prahy se v současnosti jedná o tyto lokality:
Blatov a Xaverovský háj
Obora Hvězda
Milíčovský les
Lochkovský profil
Praha-Petřín
Praha-Letňany
Radotínské údolí

Praha
Přírodní parky

Posláním přírodních parků je především ochrana krajiny a stím souvisí i omezení výstavby v místech, kde by mohlo dojít k narušení celkového krajinného rázu. Na území Prahy bylo dosud vyhlášeno celkem 11 přírodních parků, které zahrnují různé typy krajin. Ve vyhlášených přírodních parcích Prahy převládá typ parků s harmonickou kulturní krajinou, které zahrnují složité krajinné struktury vzniklé optimálním způsobem využívání se zastoupením několika druhů vegetačních formací, kde může mít důležitý význam i struktura sídel a jejich architektura (Prokopské a Dalejské údolí). Dále je zde typ parků zahrnující především velké lesní komplexy s dalšími přírodními fenomény a s omezeným zastoupením jiných vegetačních formací a sídel (Klánovice-Čihadla). Celou řadu parků však lze zařadit do obou typů. Několik přírodních parků je vyloženě vázáno na krajinu podél konkrétního toku (např. Drahaň-Troja, Šárka-Lysolaje, Rokytka).

přírodní park Botič-Milíčov
přírodní park Drahaň-Troja
přírodní park Hostivař-Záběhlice
přírodní park Klánovice-Čihadla
přírodní park Košíře-Motol
přírodní park Modřanská rokle-Cholupice
přírodní park Prokopské a Dalejské údolí
přírodní park Radotínsko-Chuchelský háj
přírodní park Rokytka
přírodní park Říčanka
přírodní park Šárka-Lysolaje

Praha
Mimo zvláště chráněných území jsou na území přírodního parku vymezeny prvky tzv. územního systému ekologické stability. Jde o vzájemně propojený soubor přirozených i pozměněných, avšak přírodě blízkých ekosystémů, které udržují přírodní rovnováhu v krajině. Rozlišují se místní, regionální a nadregionální systém ekologické stability. Jejich základní prvky tvoří biocentra a biokoridory, přičemž zatímco biocentra umožňují trvalou existenci ekosystému, biokoridory umožňují pouze jejich migraci mezi biocentry.
Prvky územních systémů ekologické stability jsou vymezovány pouze v rámci územních plánů měst a obcí. Jejich schválením je pak možné zajistit zvýšenou péči i o méně cenné ekosystémy, které v přírodě plní důležitou funkci (migrace organismů, působení na méně stabilní části krajiny).
V krajině můžete dále nalézt významné krajinné prvky. Ty jsou definovány jako ekologicky, geomorfologicky nebo esteticky hodnotná část krajiny, která utváří její typický vzhled nebo přispívá k udržení její stability. Významnými krajinnými prvky jsou lesy, rašeliniště, vodní toky, rybníky, jezera, údolní nivy. Dále jsou jimi jiné části krajiny, které zaregistruje orgán ochrany přírody jako významný krajinný prvek, zejména mokřady, stepní trávníky, remízy, meze, trvalé travní plochy, naleziště nerostů a zkamenělin, umělé i přirozené skalní útvary, výchozy a odkryvy. Mohou jimi být i cenné plochy porostů sídelních útvarů včetně historických zahrad a parků. Na území Prahy jsou tak například všechny lesy, vodní toky a rybníky současně již významnými krajinnými prvky. Mezi registrované plochy patří např. skalnatý suk v Dolních Chabrech v ulici Pod zámečkem.

Magistrát hl. m. Prahy

Projekt Popularizace a propagace ochrany zvláště chráněných druhů rostlin a zvláště chráněných území Prahy je realizován s finančním přispěním Hlavního města Prahy.