Jediná lokalita prstnatce bezového (Dactylorhiza sambucina) v CHKO Železné hory byla vyhlášena v roce 1994. Její celková plocha je 0,315 ha, její ochranné pásmo je velké 2,54 ha.

Jihovýchodně od Horního Bradla (okres Chrudim – mapa) se nachází jediná pralesní rezervace na území CHKO Železné hory. Byla vyhlášena tzv. Silvestrovským výnosem z 31. 12. 1933, kterým byla vyhlášena první chráněná území v Československé republice. O jeho navržení se zasadil Rudolf Maximovič, který kladl velký důraz na ochranu pralesů jako našeho národního dědictví. Ochranu však zajistili již majitelé – Auerspergové, kteří již v roce 1896 nechali vyloučit zcela z hospodaření 14 hektarů tzv. dekoračního lesa.

Část kaňonovitého údolí řeky Chrudimky severně od Nasavrk až k Práčovské přehradě (oficiáně Křižanovice II.) je chráněna od roku 1994 na ploše 87,32 ha (okres Chrudim – mapa). Na západní hranici na Strádovské Peklo navazuje přírodní rezervace Krkanka, která byla vyhlášena již v roce 1990 a chrání údolí Chrudimky od přehradní hráze Křižanovické přehrady (oficiálně Křižanovice I.).

Chráněné území vyhlášené v roce 1996 se nachází asi 1,5 km severozápadně od Trhové Kamenice (okres Chrudim – mapa), v nivě bezejmenného potoka. Nachází se v nadmořské výšce asi 560 m a rozkládá se na ploše 1,96 ha. Důvodem ochrany jsou vlhké pcháčové a rašelinné louky s výskytem řady ohrožených druhů rostlin, zejména vrby borůvkovité (Salix myrtilloides). V době vyhlašování byly v ČR známy pouze dvě lokality tohoto druhu vrby.

Na jihozápadním okraji města Nasavrky (okres Chrudim – mapa) se nachází na ploše 0,50 ha chráněné území známé především bohatým výskytem ďáblíku bahenního (Calla palustris).

Toto chráněné území vyhlášené v roce 2001 na ploše 41,84 ha patří mezi nejmladší na území CHKO Železné hory. Nachází se na severně orientovaném svahu nad řekou Chrudimkou, východně od městyse Bojanov (okres Chrudim – mapa).

Největší lokalita s výskytem bledule jarní (Leucojum vernum) na území CHKO Železné hory se nachází mezi obcemi Vršov a Krásné (okres Chrudim – mapa). Jako přírodní památka byla vyhlášena v roce 1990, na ploše 18,65 ha.

V roce 1992 byla obora navazují na zámecký park v Cholticích (okres Pardubice) vyhlášena přírodní rezervací. Důvodem byla ochrana přírodě blízkých lesních porostů s řadou starých exemplářů dubů, habrů, buků a také starých torz stromů.

Na jižním okraji obce Bítovany na Chrudimsku se nachází nevelký, poměrně mělký rybník, na který navazují rákosiny a vlhké, většinou nekosené louky. V roce 1996 byl vyhlášen přírodní památkou k ochraně poslední východočeské lokality kotvice plovoucí (Trapa natans), kriticky ohroženého druhu naší květeny.

Jižně od Slatiňan a severozápadně od Svídnice (okres Chrudim – mapa) se nachází chráněné území vyhlášené již v roce 1949 na ploše 0,3 ha, v roce 1996 bylo přehlášeno a rozšířeno na 1,45 ha. Nachází se na převážně jižně orientované stráni. Důvodem ochrany bylo zachování suchomilné květeny na lesostepní stráni nad Okrouhlickým potokem.

Chráněné území se nachází asi 1,5 km východně od Žumberku (okres Chrudim). Tvoří jej malý rybníček a na něj navazující jasano-olšové luhy. Lesní rybníček, který dal chráněnému území jméno, má rozlohu necelý hektar a jako plůdkový výtažník je významnou batrachologickou lokalitou. Byl zde zjištěn výskyt 10 druhů obojživelníků, z nichž je významný výskyt kuňky ohnivé (Bombina bombina), který je také důvodem vyhlášení evropsky významné lokality.

Na východním okraji Rabštejnské Lhoty (okres Chrudim – mapa) se nachází chráněné území, které bylo vyhlášeno pro ochranu geologické zajímavosti. Nacházejí se zde pozůstatky příbojových zón druhohorního moře, které byly odhaleny díky těžbě pískovce. Podloží tvoří velmi tvrdé křemence, jejichž výchozy byly ohlazeny příbojem cenomanského moře. Pozůstatkem moře jsou vodorovně uložené vrstvy pískovců, které mají poměrně vysoký obsah železa, a jsou proto výrazně žlutooranžově zbarveny.

Chráněné území o rozloze 34,37 ha bylo vyhlášeno v roce 1998 a nachází se v boční rokli, která ústí u osady Dolany do údolí Novohradky (okres Chrudim – mapa). Důvodem ochrany je podle vyhlašovacího protokolu kaňon v opukách s pestrou geomorfologií, výskyt mloka, mechů a kapradin. Jaká je skutečnost?

Jižně od města Chrast se nachází malá obec Skála se svou částí Podskála (okres Chrudim – mapa). Jak název obec napovídá, samotná vesnice stojí na skále a její menší část se nachází pod touto skálou. Geologické podloží tvoří křídové sedimenty vápnito-jílovitého pískovce, které nad Podskálou vytváří až 30 metrů vysokou opukovou skalní stěnu, do které se zařezává potok Žejbro. Jeho pravý břeh tvoří hranici chráněného území vyhlášeného v roce 2001 na ploše 3, 6993 ha.

Nenápadné návrší (318 m n. m.) tvořené spilitovými vyvřelinami se nachází asi 500 m severovýchodně od obce Sovolusky (okres Pardubice – mapa) a je chráněno od roku 1978 na rozloze 0,74 hektaru.