Na severozápadním okraji obce Chuchel (okres Havlíčkův Brod) se nachází chráněné území vyhlášené v roce 2002 (mapa). Chráněno je 1,8 hektarů prudkého, převážně jihozápadně orientovaného svahu na opukách tzv. Dlouhé meze. Důvodem vyhlášení je ochrana vegetace krátkostébelných trávníků ze svazu Bromion, které jsou v tomto regionu velmi vzácné. Období, kdy bylo upuštěno od hospodaření na obtížně přístupném svahu, dodnes připomíná větší množství náletu především na východním okraji, ale i na západním, kde křoviny tvoří výraznou linii mezi horní hranicí svahu a polem ležícím nad ním.

Sad kaštanovníků jedlých (Castanea sativa) se nachází v městě Nasavrky (okres Chrudim – mapa), na svahu mírně ukloněném k severovýchodu, asi 100 m severně od zámku.

Chráněné území vyhlášené poprvé v roce 1954 a naposledy přehlášené v roce 2007 se nachází na pravém břehu Sečské přehrady, asi 2 km jižně od města Seč (okres Chrudim – mapa), v CHKO Železné hory. Vyhlášeno bylo především pro ochranu podhorských suťových lesů, reliktních borů a acidofilních bučin, také jako významná malakozoologická lokalita či hnízdiště výra velkého. Současná rozloha je 26,46 ha a zahrnuje skalní ostroh, na kterém se nachází zřícenina hradu Oheb, rozsáhlejší porosty acidofilních bučin se nacházejí jihovýchodně od zříceniny a menší porost bučin nacházející se jižně od silnice vedoucí z přehradní hráze do obce Proseč.

Přírodní památka se nachází 500 m jihozápadně od obce Dolní Sokolovec (okres Havlíčkův Brod – mapa). Byla vyhlášena v roce 1990 na ploše 0,30 ha v bývalé pískovně, za účelem ochrany lokality s výskytem rosnatky okrouhlolisté (Drosera rotundifolia).

Jediná lokalita prstnatce bezového (Dactylorhiza sambucina) v CHKO Železné hory byla vyhlášena v roce 1994. Její celková plocha je 0,315 ha, její ochranné pásmo je velké 2,54 ha.

Jihovýchodně od Horního Bradla (okres Chrudim – mapa) se nachází jediná pralesní rezervace na území CHKO Železné hory. Byla vyhlášena tzv. Silvestrovským výnosem z 31. 12. 1933, kterým byla vyhlášena první chráněná území v Československé republice. O jeho navržení se zasadil Rudolf Maximovič, který kladl velký důraz na ochranu pralesů jako našeho národního dědictví. Ochranu však zajistili již majitelé – Auerspergové, kteří již v roce 1896 nechali vyloučit zcela z hospodaření 14 hektarů tzv. dekoračního lesa.

Část kaňonovitého údolí řeky Chrudimky severně od Nasavrk až k Práčovské přehradě (oficiáně Křižanovice II.) je chráněna od roku 1994 na ploše 87,32 ha (okres Chrudim – mapa). Na západní hranici na Strádovské Peklo navazuje přírodní rezervace Krkanka, která byla vyhlášena již v roce 1990 a chrání údolí Chrudimky od přehradní hráze Křižanovické přehrady (oficiálně Křižanovice I.).

Chráněné území vyhlášené v roce 1996 se nachází asi 1,5 km severozápadně od Trhové Kamenice (okres Chrudim – mapa), v nivě bezejmenného potoka. Nachází se v nadmořské výšce asi 560 m a rozkládá se na ploše 1,96 ha. Důvodem ochrany jsou vlhké pcháčové a rašelinné louky s výskytem řady ohrožených druhů rostlin, zejména vrby borůvkovité (Salix myrtilloides). V době vyhlašování byly v ČR známy pouze dvě lokality tohoto druhu vrby.

Na jihozápadním okraji města Nasavrky (okres Chrudim – mapa) se nachází na ploše 0,50 ha chráněné území známé především bohatým výskytem ďáblíku bahenního (Calla palustris).

Toto chráněné území vyhlášené v roce 2001 na ploše 41,84 ha patří mezi nejmladší na území CHKO Železné hory. Nachází se na severně orientovaném svahu nad řekou Chrudimkou, východně od městyse Bojanov (okres Chrudim – mapa).

Největší lokalita s výskytem bledule jarní (Leucojum vernum) na území CHKO Železné hory se nachází mezi obcemi Vršov a Krásné (okres Chrudim – mapa). Jako přírodní památka byla vyhlášena v roce 1990, na ploše 18,65 ha.

V roce 1992 byla obora navazují na zámecký park v Cholticích (okres Pardubice) vyhlášena přírodní rezervací. Důvodem byla ochrana přírodě blízkých lesních porostů s řadou starých exemplářů dubů, habrů, buků a také starých torz stromů.

Na jižním okraji obce Bítovany na Chrudimsku se nachází nevelký, poměrně mělký rybník, na který navazují rákosiny a vlhké, většinou nekosené louky. V roce 1996 byl vyhlášen přírodní památkou k ochraně poslední východočeské lokality kotvice plovoucí (Trapa natans), kriticky ohroženého druhu naší květeny.

Jižně od Slatiňan a severozápadně od Svídnice (okres Chrudim – mapa) se nachází chráněné území vyhlášené již v roce 1949 na ploše 0,3 ha, v roce 1996 bylo přehlášeno a rozšířeno na 1,45 ha. Nachází se na převážně jižně orientované stráni. Důvodem ochrany bylo zachování suchomilné květeny na lesostepní stráni nad Okrouhlickým potokem.

Chráněné území se nachází asi 1,5 km východně od Žumberku (okres Chrudim). Tvoří jej malý rybníček a na něj navazující jasano-olšové luhy. Lesní rybníček, který dal chráněnému území jméno, má rozlohu necelý hektar a jako plůdkový výtažník je významnou batrachologickou lokalitou. Byl zde zjištěn výskyt 10 druhů obojživelníků, z nichž je významný výskyt kuňky ohnivé (Bombina bombina), který je také důvodem vyhlášení evropsky významné lokality.