Na sever od Hodonína, v prostoru mezi Hodonínem a Dubňanami, se rozprostírá rozsáhlý lesní celek zvaný Dúbrava. Na první pohled rozhodně nevypadá jako místo s významným výskytem vzácných rostlin a cenných rostlinných společenstev, vždyť celé území je protkáno sítí cest, zpevněných i nezpevněných, lze narazit i na nevzhledné stašidelně škrundající roury, ale navdory prvnímu dojmu a vytrvalému lidskému snažení je tomu právě tak. Jen malá část cenných ploch je maloplošně chráněna v PR Stupava a PP Pánov. Celé území je však zahrnuto do soustavy Natura 2000 jako Hodonínská doubrava, jehož rozloha činí 3029 ha.

Na okraji jihomoravské obce Milotice (okres Hodonín) se nachází mezi poli a vinohrady přírodní rezervace Horky, která představuje unikátní stepní společenstva se vzácnými druhy rostlin a živočichů v jinak intenzivně zemědělsky obhospodařované krajině.

Podél železniční trati Břeclav – Přerov, mezi stanicemi Rohatec a Bzenec přívoz (Hodonínsko) se nalézá významná přírodní rezervace s jednoznačným jménem Váté písky. Zdejší písky pocházejí ze sedimentů řeky Moravy a byly vyváty během pleistocénu. Místy dosahují až mocnosti 30 m. Rozloha celé přírodní památky, která byla vyhlášena v roce 1990, dosahuje bezmála 100 hektarů a nalézá se v nadmořské výšce od 186 do 195 m.

Asi 200 m severně od osady Dětaň (okres Louny) se na jihovýchodním okraji Doupovských hor nachází přírodní rezervace Dětaňský chlum. Na jižně exponovaných svazích kóty Chlum (539 m) včetně náhorní plošiny se dochovaly teplomilné doubravy s enklávami stepních trávníků s typickou květenou, na jejichž ochranu byla v roce 1967 na ploše 35,60 ha rezervace vyhlášena.

Na severovýchodním okraji Doupovských hor je nejnápadnějším geomorfologickým útvarem nepochybně stolová hora Úhošť. Přibližně 1,5 km na jih od Úhoště se nachází nepříliš výrazný táhlý hřbet Dubiny, náležející k Doupovské pahorkatině a překračující ve směru západ východ hranice Karlovarského a Ústeckého kraje a též hranice vojenského újezdu Hradiště. Oblast Dubina, tahnoucí se od kóty Dubový vrch (691 m n. m.) ke kótě Hůrka (619 m n. m.), je přístupná bez zvláštního povolení a v době květu zdejší hlavní atrakce, koniklece otevřeného (Pulsatilla patens), hojně navštěvovaná.

Na severním okraji Doupovských hor, jižně od Klášterce nad Ohří (okres Chomutov), se nachází vrch Mravenčák, pozůstatek drobného třetihorního vulkánu. Je to významná geologická, geomorfologická a botanická lokalita s význačným výskytem zvláště chráněných druhů rostlin. V roce 1990 byla na 1,5 ha jeho vrcholových partií zřízena přírodní památka Mravenčák.

Přírodní památka Rašovické skály byla vyhlášena v roce 1992. Nachází se v okrese Chomutov, asi 1 km východně od obce Lestkov u Klášterce nad Ohří, při okraji vojenského újezdu Doupovské hory (mapa). Má výměru 35 ha, leží v nadmořské výšce od 398 do 584 m. Předmětem ochrany jsou společenstva teplomilných rostlin a živočichů.

Národní přírodní rezervace Úhošť byla vyhlášena v roce 1974 v severovýchodní části Doupovských hor v okrese Chomutov, asi 2 km od města Kadaň (mapa). Rezervace má výměru 114,57 ha, ochranné pásmo dalších 93,73 ha, nachází se v nadmořské výšce od 375 do 593 m. Předmětem ochrany jsou lesostepní a stepní formace na svazích geomorfologicky nápadné tabulové hory Úhošť, s výskytem řady zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů.

Předmětem ochrany NPP Skalky skřítků jsou pseudokrasové dutiny ve strmém severozápadním svahu vrchu Schwedelberg na okraji Doupovských vrchů nedaleko lázní Kyselka (okres Karlovy Vary). Přilehlá společenstva lipových javořin, lipodubových a dubových bučin mají vysokou přírodovědeckou hodnotu. NPP Skalky skřítků o rozloze 11,64 ha byla vyhlášena roku 1979.

Přírodní památka Za Hrnčířkou se nachází mezi vesnicemi Vícov a Ohrozim na Prostějovsku (mapa). Obklopena polnostmi představuje spolu s ostatními podobnými místy v okolí cenný zbytek zachovalé krajiny a útočiště pro původní druhy rostlin a hmyzu.

Mezi jihomoravskými obcemi Březí, Dolní Dunajovice a Brod nad Dyjí se táhne ve směru severojižním úzký pás kopců. V porovnání se sousedními Pavlovskými vrchy je to vlastně jen pár nevýrazných kopečků, jejichž úpatí jsou většinou pokryta vinohrady. Nadmořská výška oblasti nepřesahuje 285 m n. m. (Janská hora). V roce 1990 bylo toto území prohlášeno za chráněné, jeho celková výměra činí 107 hektarů.

Mezi Hlohoveckým rybníkem a Nesytem se ve stínu národních přírodních rezervací a památek Lednicko-valtického areálu krčí vinohrady porostlá Stará hora. V jejím severním svahu, v místech bývalého vápencového lůmku, byla v roce 2002 na ploše 3 ha vyhlášena přírodní památka Kamenice u Hlohovce k ochraně teplomilných rostlinných společenstev (mapa).

Na pravém břehu řeky Dyje, pod silnicí z Lednice do Podivína se nalézá soustava mokřadů, kanálů a tůní vyhlášená v roce 1990 jako chráněné území Pastvisko u Lednice (mapa). Výměra činí 30 ha a hlavním předmětem ochrany jsou vzácní živočichové vázaní na mokřady, ať už jde o bezobratlé (měkkýše, pavouky, hmyz) nebo obratlovce, především ptáky, kteří zde hnízdí nebo sem zalétají za potravou. Na území je zakázán vstup, ostatně mokřady jsou obvykle přístupné jen obtížně, pro pozorování plachých ptáků zde byla zřízena pozorovatelna, dnes již silně zvetšelá. Ptáků zde lze spatřit opravdu hodně, potvrdit můžeme vlhy, volavky a vodouše, ale rostou zde i některé zajímavé rostliny.

Jednou z výrazných romantických staveb Lednicko-valtického areálu je Dianin chrám, lovecký zámeček ve tvaru vítězného oblouku, postavený roku 1812 a zvaný Rendezvous. Je ukryt na západním okraji Bořího lesa a celá uměle vytvořená krajina kolem zámečku s částí přilehlého lesa byla prohlášena národní přírodní památkou především k ochraně panonských teplomilných doubrav na píscích. Současná výměra činí 24 ha, území je chraněno od roku 1990.

Jihomoravský rybník Nesyt patří se svou nejednoznačnou výměrou asi 300 ha k plošně největším u nás a na Moravě je vůbec největší. Byl vybudován v 16. století na potoce Včelínek u obce Sedlec a dnes je součástí NPR Lednické rybníky zřízené především k ochraně vodního ptactva.