Severovýchodně od města Kolín a 1 km jihozápadně od obce Tři Dvory bylo v roce 1985 vyhlášeno na ploše 4,5 ha chráněné území Kolínské tůně. Chráněn je zbytek starého slepého ramene a několik menších tůní, které vznikly zazemňováním jižní části ramene. Ve východní části přírodní památky se nachází ještě jedna tůňka, která je pozůstatkem ještě jiného, staršího slepého ramene. Protože její břehy lemuje souvislý pás rákosin, není ve vegetační sezóně téměř vidět.
Kolínské tůně - přírodní památka
Také ostatní tůně a jižní okraj zbytku ramene jsou lemovány především porosty rákosu (Phragmites australis). Na ně v případě největší vodní plochy navazují i porosty orobince širolistého (Typha latifolia) a orobince úzkolistého (Typha angustifolia). V severní části, kde jsou ještě poměrně strmé břehy, je litorál vyvinut jen sporadicky. Místy se vyskytuje chrastice rákosovitá (Phalaris arundinacea), ostřice štíhlá (Carex acuta), vzácně ostřice nedošáchor (Carex pseudocyperus), ostřice pobřežní (Carex riparia) či rukev obojživelná (Rorippa amphibia). Velmi vzácně zde roste kosatec žlutý (Iris pseudacorus).
Kolínské tůně - přírodní památka
V době vyhlašování byl jedním z důvodů hojný výskyt vodních rostlin, především leknínu bílého (Nymphaea alba). Ten zde již neroste, skutečně vzácně se zde vyskytuje ještě stulík žlutý (Nuphar lutea). V jedné z tůní roste hojně růžkatec ponořený (Ceratophyllum demersum) a v další stolístek klasnatý (Myriophyllum spicatum). Chráněné území je součástí rybářského revíru a rybí obsádka přispívá k likvidaci vodních rostlin. Stejně nepříznivě působí i chov polodivokých kachen. Nepříznivý vliv na stav přírodní památky může mít i skutečnost, že v sousedství se nachází areál vodních zdrojů Tři Dvory, kde se čerpá pitná voda pro Kolín a okolí. To je zřejmě příčinou výrazného kolísání vodní hladiny v rameni a tůních.
Kolínské tůně - přírodní památka
Součástí přírodní památky jsou samozřejmě i břehy slepého ramene, většinou se ale jedná jen o několik metrů široké pruhy porostlé fragmenty blízké lužním lesům. Stromové patro nejčastěji tvoří dub letní (Quercus robur) spolu s javorem babykou (Acer campestre) a jilmem vazem (Ulmus laevis). Bylinné patro je chudší, tvořené jen běžnějšími druhy bylin, jako je srha hajní (Dactylis polygama), kostřava obrovská (Festuca gigantea) nebo hluchavka skvrnitá (Lamium maculatum). Vzácně se zde vyskytuje kruštík širolistý (Epipactis helleborine).
Kolínské tůně - přírodní památka
Na břehu slepého ramene v severní části poměrně hojně roste vrba košíkářská (Salix viminalis) a vrba bílá (Salix alba). Na severozápadním okraji přírodní památky tvoří souvislé porosty vrba šedá (Salix cinerea). V této části je také nejvíce vysázených topolů kanadských (Populus ×canadensis).
Kolínské tůně - přírodní památka
Na severovýchodní a jihozápadní hranice přírodní památky bohužel navazují pole, ale za pozornost stojí louka na jihovýchodním okraji, která je součástí ochranného pásma. Jedná se o druhově pestrou louku s hojným výskytem srpice barvířské (Serratula tinctoria), z dalších druhů zde roste rozrazil dlouholistý (Veronica maritima), oman vrbolistý (Inula salicina), olešník kmínolistý (Selinum carvifolia), svízel severní (Galium boreale), bukvice lékařská (Betonica officinalis).
Kolínské tůně - přírodní památka
V širším okolí Kolínských tůní se najde řada botanicky zajímavých míst, což bylo spolu se zoologickou hodnotou území důvodem registrování významného krajinného prvku Hánín na ploše 171 hektarů v roce 1999. Hánín je nazván podle hradiště, které zde stálo v 10. až 11.století zřejmě v ohybu meandru Labe a které bylo narušené pozdější těžbou kamene. Kromě Kolínských tůní zahrnuje dvě velká ramena, Legerovo a Ovčačka odstavená v době regulace Labe v letech 1913–27. Vedle nich se zde nachází několik menších tůní, z nich největší je Štolbovka ležící východně od Legerova ramene. Poslední vodní plochou je bývalý lom na amfibolit u hradiště Hánín, zatopený v roce 1950. Vegetace odstavených ramen je bohatší na výskyt stulíku žlutého (Nuphar lutea). Leknín bělostný (Nymphaea candida) je zřejmě vysazen na zatopeném lomu Hánín. Strmé břehy neumožňují rozvoj bohatého litorálu, ale kromě výše jmenovaných ostřic se zde vyskytuje hojně ostřice Buekova (Carex buekii), hojnější je i kosatec žlutý (Iris pseudacorus), místy roste i puškvorec obecný (Acorus calamus), šťovík koňský (Rumex hydrolapathum) či máta vodní (Mentha aquatica). Mnohem zajímavější jsou louky, které mají charakter od mezofilních ovsíkových luk ze svazu Arrhenatherion až po aluviální louky ze svazu Alopecurion s dominantní metlici trsnatou (Deschampsia cespitosa). Ze zajímavějších druhů se zde vyskytuje srpice barvířská (Serratula tinctoria), žluťucha lesklá (Thalictrum lucidum), koromáč olešníkový (Silaum silaus), ostřice liščí (Carex vulpina) a také česnek hranatý (Allium angulosum). Bohužel výskyt jarvy žilnaté (Cnidium dubium) zde nebyl delší dobu ověřen. Potvrzen byl výskyt kruštíku polabského (Epipactis albensis).
Kolínské tůně - přírodní památka

Fotografováno dne 2. 8. 2014.