Již na samém severním okraji přírodního parku na pravém břehu kaňonovitého údolí Vltavy (jižně od vyústění Drahanského potoka) se nachází přírodní památka Zámky. Byla vyhlášena včetně širšího ochranného pásma v roce 1982 pro ochranu bohatě vyvinutých teplomilných společenstev skal, skalních stepí, křovin a jejich lemů. Je tvořena dvěma částmi obklopujícími ostře zaříznuté údolí v dolním úseku Čimického potoka, tzv. Zámeckou rokli.
Severní část byla, jako strategicky významné místo nad řekou Vltavou chráněné příkrými svahy ze tří světových stran, souvisle osídlena od 4. tisíciletí před n. l. až do 9. století n. l. V období eneolitu (kolem poloviny 4. tisíciletí před n. l.) založil výšinné sídliště na Zámkách lid patřící řivnáčské kultuře. Pozdější osídlení je doloženo z doby bronzové, od 5. století před n. l. se zde usídlili Keltové a na přelomu letopočtu byli vystřídáni germánskými Markomany. V období od 7. do 9. století n. l. se s příchodem Slovanů stalo ze Zámků významné slovanské hradiště, jehož největší rozvoj se datuje k 9. století n. l. Dodnes jsou na severní a východní straně patrné zbytky mohutných valů, které tvořily součást opevnění.
Lid obývající ostrožnu na Zámcích se intenzivně věnoval zemědělskému hospodaření – kácel lesy pro svá políčka, ale i z obranných důvodů, zakládal pastviny a to i na strmých skalnatých místech. Zvýšená eroze podnítila na konci 19. století záměr zalesnit většinu svahů ve vltavském údolí nepůvodním akátem. Negativním důsledkem tohoto rozhodnutí bylo jeho nekontrolovatelné šíření a utlačování přirozených společenstev. Začátkem 20. století byl v severní části dnešní přírodní památky otevřen lom na těžbu štěrku.
Jižní část chráněného území je nazývána Dynamitka nebo U dynamitky. To podle bývalé továrny na dynamit založené v roce 1870 v Zámecké rokli.
Geologicky tvoří území proterozoické břidlice střídané drobami s žilami vulkanických hornin – alterovaného žilného bazaltu a porfyritů.
Z hlediska vegetace je přírodní památka Zámky tvořena pestrou kombinací společenstev s výskytem řady chráněných a ohrožených druhů. Strmé skalní stěny osídluje společenstvo tařice skalní (Aurinia saxatilis) a kostřavy sivé (Festuca pallens). Ze zajímavějších druhů zde roste jestřábník bledý (Hieracium schmidtii), chlupáček hadincovitý (Pilosella echioides), čistec přímý (Stachys recta), locika vytrvalá (Lactuca perennis) nebo koniklec luční český (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica).
Na obnažených vrcholech a při krajích svahů na skalním ostrohu severně od Zámecké rokle se na mělkých skalních půdách zachovalo společenstvo s chmerkem vytrvalým (Scleranthus perennis), ve kterém roste radyk prutnatý (Chondrilla juncea), trávnička obecná (Armeria vulgaris) nebo chlupáček zední (Pilosella officinarum). To je střídáno se společenstvem drobných jarních efemerů s rozrazilem Dilleniovým (Veronica dillenii) a s nenápadně bíle kvetoucím huseníčkem rolním (Arabidopsis thaliana). Významný je výskyt vzácného křivatce českého (Gagea bohemica).
Hojněji je zastoupené společenstvo na mírnějších výslunných svazích jak nad pobřežím Vltavy, tak v bočním údolí s převahou trýzele škardolistého (Erysimum crepidifolium) a kostřavy walliské (Festuca valesiaca).
Na náhorní plošině a při krajích svahů jsou zastoupené sušší louky s dominancí ovsíku vyvýšeného (Arrhenatherum elatius) doprovázeného výskytem kostřavy žlábkaté (Festuca rupicola). Zajímavý je výskyt šalvěje luční (Salvia pratensis), vzácné chrpy chlumní (Centaurea triumfettii subsp. axillaris) a nápadně růžově kvetoucího slézovce durynského (Lavatera thuringiaca). Ve složení společenstva je patrný vliv bývalého hradiště i vyšší návštěvnosti.
Zcela výjimečné společenstvo jinak typické pro severní svahy na bazických horninách (zastoupené např. v Českém krasu nebo v Českém středohoří) se zachovalo na výchozu žíly vyvřelého prvohorního bazaltu v proterozoických břidlicích. Z typických průvodních druhů lze jmenovat pěchavu vápnomilnou (Sesleria caerulea), prvosenku jarní (Primula veris) a bělozářku větvitou (Anthericum ramosum).
Na severním suťovém svahu jižní části přírodní památky roste společenstvo s vřesem obecným (Calluna vulgaris) a s převládající metličkou křivolakou (Avenella flexuosa).
Za zmínku stojí i lemové společenstvo s intenzivně vonící třemdavou bílou (Dictamnus albus) a s kakostem krvavým (Geranium sanguineum). Zvláště v zářezech mezi skalami a při úpatí svahů postupně přecházející do křovinatých porostů s trnkou (Prunus spinosa) a hlohy (Crataegus sp. div), které utlačují přirozená společenstva skalních stepí.
V přírodní památce Zámky byly v roce 2009 nalezeny tyto vzácné a chráněné druhy rostlin:
hlaváček letní (Adonis aestivalis; C2)
křivatec český pravý (Gagea bohemica subsp. bohemica; C2, §2)
křivatec rolní (Gagea villosa; C2)
smil písečný (Helichrysum arenarium; C2, §2)
koniklec luční český (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica; C2, §2)
řebříček panonský (Achillea pannonica; C3)
bělozářka liliovitá (Anthericum liliago; C3, §3)
dvojštítek hladkoplodý proměnlivý (Biscutella laevigata subsp. varia; C3, §3)
ostřice drobná (Carex supina; C3)
chrpa chlumní (Centaurea triumfettii; C3, §3)
plamének přímý (Clematis recta; C3, §3)
trýzel škardolistý (Erysimum crepidifolium; C3)
konopice úzkolistá (Galeopsis angustifolia; C3)
chlupáček hadincovitý (Pilosella echioides; C3)
netřesk výběžkatý pravý (Jovibarba globifera subsp. globifera; C3)
locika vytrvalá (Lactuca perennis; C3)
tolice nejmenší (Medicago minima; C3)
hlaváč šedavý (Scabiosa canescens; C3)
silenka ušnice (Silene otites; C3)
kavyl Ivanův (Stipa pennata, C3, §3)
lněnka lnolistá (Thesium linophylon; C3)
rozrazil rozprostřený (Veronica prostrata; C3)
psineček tuhý (Agrostis vinealis; C4a)
česnek šerý horský (Allium senescens subsp. montanum; C4a)
bělozářka větvitá (Anthericum ramosum; C4a)
trávnička obecná (Armeria vulgaris; C4a)
tařice skalní Arduinova (Aurinia saxatilis subsp. arduinii; C4a, §3)
dříšťál obecný (Berberis vulgaris; C4a)
ostřice nízká (Carex humilis; C4a)
skalník celokrajný (Cotoneaster integerrimus; C4a)
pýr prostřední (Elytrigia intermedia; C4a)
kostřava sivá (Festuca pallens; C4a)
kostřava walliská (Festuca valesiaca; C4a)
chlupáček chocholičnatý (Pilosella cymosa; C4a)
jestřábník bledý (Hieracium schmidtii; C4a)
radyk prutnatý (Chondrilla juncea; C4a)
slézovec durynský (Lavatera thuringiaca; C4a)
strdivka sedmihradská (Melica transsilvanica; C4a)
mochna písečná (Potentilla arenaria; C4a)
sesel sivý (Seseli osseum; C4a)
jeřáb muk (Sorbus aria s. l.; C4a)
kolenec Morisonův (Spergula morisonii; C4a)
kavyl vláskovitý (Stipa capillata; C4a)
mateřídouška panonská (Thymus pannonicus; C4a)
mateřídouška časná (Thymus praecox; C4a)
jilm vaz (Ulmus laevis; C4a)
jilm habrolistý (Ulmus minor; C4a)
rozrazil Dilleniův (Veronica dillenii; C4a)
rozrazil klasnatý (Veronica spicata; C4a)
Fotografováno v letech 2005 a 2008.