Chráněné území Trojská je významnou stepní lokalitou na jižně orientovaném svahu v Trojské ulici (směřující do vltavského údolí). Je složena ze dvou samostatných ploch spojených ochranným pásmem. Geologický podklad tvoří rozpadavé břidlice, které místy vycházejí na povrch. Vznikly usazováním v ordovickém moři a patří k tzv. šáreckému souvrství.
Praha
Praha, Drahaň-Troja: Velká skála – přírodní památka
Geologicky nejzajímavější zastavení na trase naučné stezky je přírodní památka Velká skála, která je současně nejvýše položeným místem naučné stezky (300–340 m). Celé území tvoří výrazný skalní hřeben, zčásti ukrytý mezi stromy, tvořený buližníky (silicity) a na úpatí skály buližníkovou sutí. Masiv vystupuje z uloženin spraší, sprašových a písčitých hlín, v severovýchodní části je překrytý písčitými slínovci.
Pražská kotlina, Praha, Pitkovická stráň – přírodní památka
Na ostrohu tvořeném proteozoickými břidlicemi, v údolí Pitkovického potoka, byla v roce 1968 vyhlášena přírodní památka Pitkovická stráň. Nachází se na jižním okraji Prahy těsně u Pitkovic. Chráněné území je součástí přírodního parku.
Pražská kotlina, Praha, V hrobech – přírodní památka
Přírodní památka V hrobech se nachází v městské části Kamýk v jižní části Prahy. Na dohled z tohoto výslunného jihovýchodně orientovaného svahu můžete zahlédnout budovy Českého hydrometeorologického ústavu, z druhé části základní školu a paneláky kamýckého sídliště v ulici K lesu.
Pražská nádraží jako stanoviště pro ohrožené a vzácné druhy rostlin
Železniční nádraží a tratě jsou stanoviště se zcela neobvyklými vlastnostmi. Substrát je zde štěrkovitý a obvykle dobře provzdušněný, vysýchavý. Většinou je dobře zásobený dusíkem. Nepříznivou vlastností je, že se zde objevují pro přírodu neobvyklé sloučeniny uhlíku (nafta aj.).
Průhonická plošina, Praha, Blatov a Xaverovský háj – evropsky významná lokalita (včetně přírodní památky Klánovický les a Xaverovský háj)
Území se nachází na východním okraji Prahy, mezi městskými částmi Horní Počernice, Běchovice, Klánovice a Újezd nad Lesy na poměrně plochém reliéfu. Směrem k městské části Horní Počernice v severní části přírodní památky Xaverovský háj se plošina sklání do údolí Svépravického potoka, západní část pak do širšího údolí, které je za dálnicí. Evropsky významnou lokalitu tvoří současné přírodní památky Xaverovský háj a Klánovický les rozšířené o přiléhající luční porosty a část lesa.
Průhonická plošina, Praha, Hrnčířské louky – přírodní památka
Hrnčířské louky se rozkládají na jihovýchodním okraji Prahy, v pramenné oblasti přítoků Botiče a Kunratického potoka mezi Šeberovem a Hrnčíři. Jsou tvořeny mozaikou vlhkých luk a soustavy rybníků v nadmořské výšce okolo 300 metrů a představují poslední zbytek rozsáhlé prameništní oblasti, která se rozkládala na plošině od údolí Botiče přes Milíčovský les, Šeberov, Hrnčíře, Písnici, Cholupice až k dnešnímu letišti Točná.
Průhonická plošina, Praha, Milíčovský les – evropsky významná lokalita (včetně přírodní památky Milíčovský les a rybníky)
Milíčovský les a rybníky zahrnuje velké lesnaté území sčítající téměř 100 hektarů v rekreační oblasti jižní části Prahy. Mimo rozsáhlého lesnatého území je tvořeno kaskádou rybníků na Milíčovském potoce (levostranného přítoku Botiče). Hodnotné jsou jak lesní společenstva v poměrně přirozeném složení (s výskytem řady vzácných lupenatých hub nebo chráněnými bezobratlými – roháčem obecným a krajníkem hnědým), tak i mokřadní porosty v litorálu rybníků (s mokřadními druhy střevlíků) a i samotné rybníky s řadou druhů ptáků a obojživelníků.
Průhonická plošina, Praha, Údolí Kunratického potoka – přírodní památka
Mezi dvěma velkými pražskými sídlištními celky, Jižním městem a Lhotkou, se rozkládá lesní porost, zvaný Krčský. Území je známé Velkou Kunratickou a Novým hrádkem krále Václava IV. Přírodovědně nejcennější část je od roku 1988 územně chráněna jako přírodní památka Údolí Kunratického potoka. Chráněné území zahrnuje údolní nivu a přilehlé pravostranné svahy, část území je součástí areálu krčské nemocnice.
Střední Povltaví, Praha, Modřanská rokle – přírodní památka
Přírodní památka Modřanská rokle se nachází na rozsáhlém území mezi pražskými městskými částmi Písnice, Kamýk a Modřany, v údolí Libušského potoka. Svým rozsahem představuje významné rekreační zázemí pro obyvatele okolních sídlišť. Jako chráněné území bylo vyhlášeno v roce 1988 na ploše téměř 125 hektarů. Důvodem vyhlášení byl erozní zářez Libušského potoka s geologickým profilem v proterozoiku a ordoviku a s výchozem proterozoických slepenců, přirozená údolní potoční niva a krajinářsky významný celek.
Střední Povltaví, Praha, Modřanské a Komořanské tůně – přírodní památka
Modřanské a Komořanské tůně (jinak též „Modřanské laguny“) se nacházejí v jižní části Prahy u soutoku Berounky a Vltavy. Byly vybudovány v 19. století jako inundační nádrže, jejichž hlavní úlohou byla ochrana před povodněmi. Následnou výstavbou jezových kaskád ale ztratily svůj původní význam a postupným zarůstáním zde vzniknul druhotný ekosystém – nivní a lužní porost.
Střední Povltaví, Praha, Šance – přírodní rezervace
Na jižním okraji Prahy se na pravém břehu Vltavy vypíná předvěké hradiště, známé keltské oppidum Závist. Hradiště mělo dvě části, menší a méně významná část na pravém břehu Břežanského potoka se podle zbytků ochranných valů nazývá Šance a je součástí stejnojmenné přírodní rezervace, která byla vyhlášena v roce 1982 a má rozlohu necelých 117 ha. Přírodovědnou hodnotu jižních svahů nad spodním tokem Břežanského potoka objevil významný pražský entomolog 19. století Franz Anton Nickerl, a to nálezem několika významných druhů hmyzu. V současné době se zde kromě významných druhů bezobratlých živočichů chrání cenná rostlinná společenstva s výskytem vzácnějších druhů rostlin.