Na sever od Hodonína, v prostoru mezi Hodonínem a Dubňanami, se rozprostírá rozsáhlý lesní celek zvaný Dúbrava. Na první pohled rozhodně nevypadá jako místo s významným výskytem vzácných rostlin a cenných rostlinných společenstev, vždyť celé území je protkáno sítí cest, zpevněných i nezpevněných, lze narazit i na nevzhledné stašidelně škrundající roury, ale navdory prvnímu dojmu a vytrvalému lidskému snažení je tomu právě tak. Jen malá část cenných ploch je maloplošně chráněna v PR Stupava a PP Pánov. Celé území je však zahrnuto do soustavy Natura 2000 jako Hodonínská doubrava, jehož rozloha činí 3029 ha.

Na okraji jihomoravské obce Milotice (okres Hodonín) se nachází mezi poli a vinohrady přírodní rezervace Horky, která představuje unikátní stepní společenstva se vzácnými druhy rostlin a živočichů v jinak intenzivně zemědělsky obhospodařované krajině.

Podél železniční trati Břeclav – Přerov, mezi stanicemi Rohatec a Bzenec přívoz (Hodonínsko) se nalézá významná přírodní rezervace s jednoznačným jménem Váté písky. Zdejší písky pocházejí ze sedimentů řeky Moravy a byly vyváty během pleistocénu. Místy dosahují až mocnosti 30 m. Rozloha celé přírodní památky, která byla vyhlášena v roce 1990, dosahuje bezmála 100 hektarů a nalézá se v nadmořské výšce od 186 do 195 m.

Přírodní památka Za Hrnčířkou se nachází mezi vesnicemi Vícov a Ohrozim na Prostějovsku (mapa). Obklopena polnostmi představuje spolu s ostatními podobnými místy v okolí cenný zbytek zachovalé krajiny a útočiště pro původní druhy rostlin a hmyzu.

Mezi jihomoravskými obcemi Březí, Dolní Dunajovice a Brod nad Dyjí se táhne ve směru severojižním úzký pás kopců. V porovnání se sousedními Pavlovskými vrchy je to vlastně jen pár nevýrazných kopečků, jejichž úpatí jsou většinou pokryta vinohrady. Nadmořská výška oblasti nepřesahuje 285 m n. m. (Janská hora). V roce 1990 bylo toto území prohlášeno za chráněné, jeho celková výměra činí 107 hektarů.

Mezi Hlohoveckým rybníkem a Nesytem se ve stínu národních přírodních rezervací a památek Lednicko-valtického areálu krčí vinohrady porostlá Stará hora. V jejím severním svahu, v místech bývalého vápencového lůmku, byla v roce 2002 na ploše 3 ha vyhlášena přírodní památka Kamenice u Hlohovce k ochraně teplomilných rostlinných společenstev (mapa).

Na pravém břehu řeky Dyje, pod silnicí z Lednice do Podivína se nalézá soustava mokřadů, kanálů a tůní vyhlášená v roce 1990 jako chráněné území Pastvisko u Lednice (mapa). Výměra činí 30 ha a hlavním předmětem ochrany jsou vzácní živočichové vázaní na mokřady, ať už jde o bezobratlé (měkkýše, pavouky, hmyz) nebo obratlovce, především ptáky, kteří zde hnízdí nebo sem zalétají za potravou. Na území je zakázán vstup, ostatně mokřady jsou obvykle přístupné jen obtížně, pro pozorování plachých ptáků zde byla zřízena pozorovatelna, dnes již silně zvetšelá. Ptáků zde lze spatřit opravdu hodně, potvrdit můžeme vlhy, volavky a vodouše, ale rostou zde i některé zajímavé rostliny.

Jednou z výrazných romantických staveb Lednicko-valtického areálu je Dianin chrám, lovecký zámeček ve tvaru vítězného oblouku, postavený roku 1812 a zvaný Rendezvous. Je ukryt na západním okraji Bořího lesa a celá uměle vytvořená krajina kolem zámečku s částí přilehlého lesa byla prohlášena národní přírodní památkou především k ochraně panonských teplomilných doubrav na píscích. Současná výměra činí 24 ha, území je chraněno od roku 1990.

Jihomoravský rybník Nesyt patří se svou nejednoznačnou výměrou asi 300 ha k plošně největším u nás a na Moravě je vůbec největší. Byl vybudován v 16. století na potoce Včelínek u obce Sedlec a dnes je součástí NPR Lednické rybníky zřízené především k ochraně vodního ptactva.

Oblast soutoku Moravy a Dyje je protkána vodními toky, kanály, tůněmi a slepými rameny a vyznačuje se plochostí hodné nížinné nivy. Může se tudíž zdát přinejmenším podivné, že se zde nalézají ostrůvky suchomilného rostlinstva. Ty se ukrývají na takzvaných hrúdech, jinak pozůstatcích písečných dun, vytvořených v poledové době před nástupem lesa a zarovnaných postupně ve středověku působením člověka, a sice zanášením nivy zvýšeným přísunem usazenin. Na jejich suchomilné a světlomilné rostlinstvo je pohlíženo jako na zbytkové, reliktní, neboť i dnes se hrúdy vyhnou většině i velkých záplav a patrně na nich nikdy nerostl hustý, stinný les.

Košárské louky (okres Břeclav) se rozprostírají kolem soutoku Dyje s Kyjovkou, či přesněji na jih od něj, v oblasti soutoku Moravy a Dyje a jsou považovány za významné především z hlediska výskytu vzácných ptáků. Na jaře jsou pravidelně (uměle) zaplavovány a vyskytuje se zde řada zajímavých druhů rostlin. Větší část se nachází již mimo oboru Soutok, severně od nich lze spatřit ropné vrty a vede jimi bývalá signálka jindy přísně střežené hranice s kapitalistickým Rakouskem.

Nedaleko jihomoravských Rakvic, u Trkmanského dvora (okres Břeclav), byla v roce 2008 vyhlášena přírodní památka Trkmanec-Rybníčky o výměře 45 ha (mapa). Území se nachází v nivě Trkmanky, je tvořeno terenními sníženinami se slanomilnou květenou a s výskytem vzácných obratlovců. Hlavním předmětem ochrany je kriticky ohrožený pcháč žlutoostenný (Cirsium brachycephalum), který se v současnosti u nás vyskytuje již jen v okolí Rakvic. Část ploch s tímto pcháčem, které se nalézají mezi dálnicí a železniční tratí, však chráněna není.

Břeclav je jihomoravské město známé z lidových písní a také jako železniční křižovatka. Leží na řece Dyji a na obě strany jejího toku se od Břeclavi táhnou lužní lesy, které začínají div ne přímo ve městě. Nedaleko zámku, hned za vodárnou, se v Kančí oboře nalézá zajímavá tůň Bruksa, oblíbená zvláště místními rybáři (mapa).

Na jihovýchodním úpatí vrchu Velký Kosíř (442 m n. m.) se nachází přírodní památka Vápenice (okres Prostějov), zřízená v roce 1990 na ploše necelých 20 ha k ochraně teplomilných trávníků s výskytem vzácných druhů rostlin a živočichů. Oblast Kosíře je přírodovědcům dobře známa, vyskytuje se zde řada zajímavých druhů, z rostlin je asi nejcennější výskyt mochny jahodovité (Potentilla sterilis) na několika mikrolokalitách v okolí. Samotné chráněné území je známo především pro hojný výskyt koniklece velkokvětého (Pulsatilla grandis), čítající stovky jedinců.

V nadmořské výšce od 230 do 251 m, přibližně 2,5 km severozápadně od obce Krčmaň (okres Olomouc) se nachází zajímavá lokalita nazývaná Cigánské zmoly (mapa). Její zvlněný reliéf vznikl jako následek dávné těžby vápence. V současnosti je oblast již mnoho desítek let průmyslově nevyužívaná, a proto zde mohlo dojít ke vzniku jedinečných xerotermních společenstev vázaných na vápencové podloží. Z tohoto důvodu byla lokalita navržena k vyhlášení jako přírodní památka.