Přestože patří prstnatec májový (Dactylorhiza majalis) k našim nejčastějším a nejhojnějším orchidejím, je zároveň pravdou, že patří mezi ohrožené druhy naší flóry a lokalit s jejím výskytem dlouhodobě ubývá. Příčinou ohrožení bývá změna vlhkostních poměrů a vegetační skladby biotopu nebo jeho úplná ztráta, případně nezákonný sběr rostlin. Zároveň se ale také daří mnoho lokalit zachránit a dokonce vhodně podporovat rozvoj jednotlivých populací.
Jednou z nejpodstatnějších skutečností majících vliv na záchranu ohrožených orchidejí je znalost lokalit jejich výskytu, znalost jejich ekologických nároků a v neposlední řadě praktické zajištění jejich ochrany. Ta může spočívat také ve vhodném managamentu, tedy způsobu obhospodařování lokalit za účelem podpořit danou populaci. Není reálné a ani potřebné, aby každá lokalita s výskytem prstnatce májového byla zahrnuta do nějaké kategorie chráněného území. Vyskytuje-li se totiž na lokalitě chráněná orchidej, je zároveň v základní ochraně i její biotop.
Ohrožení biotopu a rostlin spočívá především v destrukci lokality a postupné ztrátě biotopu. Děje se tak např. častým odvodněním lokality, rozdupáním vlhkého biotopu stádem dobytka a nebo postupnými vegetačními změnami v závislosti na zvýšené dotaci živin.
Připomeňme, že prstnatec májový roste v naší převážně zemědělské krajině na vlhkých loukách v nivách potoků, na pcháčových loukách, v mělkých pramenných údolích a v okolí pramenišť. Pro tyto biotopy je typické, že se nacházejí často na vnějším okraji obhospodařované krajiny, ale nehospodaří se na nich, nebo zaujímají vlhké bylinné enklávy mezi lesní zelení a postupně zarůstají. Biotopy často trpí nadbytečnou dotací živin z okolních přihnojovaných pozemků a s tím související postupnou převahou rostlinných druhů náročných na živiny. Tyto druhy, např. tužebník jilmový, ale i luční traviny, dokáží rychle měnit vegetační strukturu společenstva, vytvářet velké množství biomasy a tím vším konkurovat a značně omezovat možnost růstu méně konkurenčně schopným orchidejím.
Tomuto polopřirozenému procesu lze zabránit vhodnou ochranou lokality spolu s vhodným managamentem. Ten spočívá v jednoduchém kosení lokalit, tak jak tomu bylo před sto lety a dříve, kdy způsob nakládání s krajinou orchidejím přál.
Pomoc v podobě kosení potřebují zejména ty lokality, které jsou náchylné na zarůstání konkurenčními bylinami, a na kterých k zarůstání už dochází. Kosení kosou nebo křovinořezem je nejvhodnější provést v červenci až v srpnu, v době, kdy již bude prstnatec májový odkvetlý a semena v květech budou vyvinuta. Seč provedeme nejlépe za suššího období, tak abychom měli zajištěn lepší pohyb po lokalitě. Po krátkém zaschnutí posečené hmoty (cca 2–4 dny), kdy biomasa ztratí většinu obsažené vody, je potřeba biomasu z lokality odklidit. A to nejlépe na takové místo, aby nedocházelo při tlení k vyplavování živin z biomasy zpět na lokalitu. Každoročním opakováním kosení dosáhneme potlačení nežádoucích bylin, zvýšíme květnatost biotopu a vegetačně jej stabilizujeme. Po několikaletém opakování také pravděpodobně dojde k nárůstu počtu orchidejí.
Na závěr je snad potřeba připomenout jen to, že prstnatec májový patří mezi ohrožené druhy naší květeny, je zákonem chráněný, a tak je potřeba k němu přistupovat. Je zakázané jeho poškozování a ničení. A to i ničení jeho biotopu. Volte proto takový management, aby k tomuto nemohlo dojít. Je také dobré si uvědomit, že každý pozemek někomu patří, a tak je vhodné se zásahem majitele seznámit.
Ideální management lokality tedy spočívá ve znalosti regionu, vhodně navrženému hospodaření, spolupráci se státní ochranou přírody a majitelem pozemku.