V botanické literatuře se občas setkáváme s psaním stejného slova s měkkým i nebo tvrdým y.
Nejčastěji jsou to výrazy sylvaticus – silvaticus, sylvestris – silvestris, Pyrus – Pirus, odvozeně i Pyrola – Pirola. Na tuto nejednotnost existuje jasné a jednoduché vysvětlení. Klasická latina v těchto slovech píše měkká i; když však Linné zaváděl binomickou nomenklaturu, zcela záměrně použil u těchto slov pravopis archaický, tedy s ypsilon. Jenže to mnozí jeho následovníci nepochopili a v těchto slovech používali pravopis „klasický“. Přítrž této nejednotnosti byla učiněna až v druhé polovině 20. století, kdy archaická podoba těchto slov byla Kódem označena jako jediná přípustná.
Něco jiného jsou ale složeniny v historických názvech: přídavné jméno odvozené od latinského názvu Sedmihradska (Transylvánie) se může vyskytovat v různých ortografických variantách s měkkým i či tvrdým y, s jedním nebo dvěma s. Správná je ovšem ta podoba, kterou v konkrétním případě použil její autor.
Chyby se občas dělají i při používání velkých a malých písmen v latině. Zásada je velmi jednoduchá – rodové jméno začíná vždy písmenem velkým, zato druhové, bez výjimky, vždy písmenem malým. A to i v případech, je-li druh pojmenován na něčí počest, nebo zda se v jeho jméně objevuje nějaké jiné vlastní jméno, např. geografický název.
A ještě k víceslovným druhovým jménům: jsou přípustná, mezi jejich členy však musí být spojovník, tedy krátká vodorovná čárka bez mezer: Capsella bursa-pastoris, ale i Papaver corolla-sancti-stephani.
