V rohu státní hranice téměř na západ od obce Strážný se nachází velmi opuštěný kousek Šumavy – Kotlina Valné. Nevedou sem pořádné cesty, nejsnadněji se sem člověk dostane z Bavorska, protože nahoře na svahu jsou roztroušené domky obce Mitterfirmiansreut. Lokalitu tvoří plochá deprese obklopená dosti vysokými svahy, jen na východ otevřená do údolí říčky Řasnice, které se zde někdy říká Valná.
Jihočeský
Šumavské pláně, Olšinka – 1. zóna Národního parku Šumava
Šumavská horská obec Kvilda (okres Prachatice) se nalézá uprostřed Národního parku Šumava, a tak nikoho nepřekvapí, že je obklopena přírodovědně cennými územími. K těm nejznámějším patří Jezerní slať s vyhlídkovou věží. Naopak Olšinka, položená v sedle mezi Přílbou a Orlem, patří k územím spíše neznámým. Jako přírodní památka byla vyhlášena v roce 1992 na ploše 32 ha k ochraně vrchoviště a podmáčené smrčiny a jako tokaniště tetřeva. V současnosti je součástí 1. zóny Národního parku Šumava.
Sušicko-horažďovické vápence, Kozlovská stráň – přírodní památka
Mezi Horažďovicemi a Střelskými Hošticemi se nad nivou pravého břehu Otavy zvedá nevysoká, ale prudká stráň se skalními výchozy, dnes odlesněná a chráněná od roku 2011 jako přírodní památka Kozlovská stráň (okres Strakonice). Rozloha chráněného území činí 1,3 ha. Důvodem ochrany je výskyt vzácného hořečku mnohotvarého českého (Gentianella praecox subsp. bohemica), zachráněného takříkajíc na poslední chvíli. Druh je chráněn též přílohou II evropské směrnice č. 92/43/EHS o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin, a proto je Kozlovská stráň též součástí sítě evropsky významných lokalit soustavy Natura 2000.
Táborsko-vlašimská pahorkatina, Hroby – přírodní památka
Krajina na východ od bývalé bašty Husitů Tábora jistě nepatří k našim nejznámějším turistickým destinacím. Právě naopak, spíše připomíná místa, kde dávají lišky dobrou noc, jak se dříve říkávalo. A právě zde se u obce se strašidelným jménem Hroby nachází stejnojmenná přírodní památka, vyhlášená roku 1990 na nepatrné ploše 0,15 ha. Hlavním a v podstatě jediným důvodem ochrany je výskyt hořečku mnohotvarého českého (Gentianella praecox subsp. bohemica), představující snad úplně poslední zbytek kdysi rozsáhlého výskytu této krásné hořcovité rostliny na Voticku a Táborsku.
Třeboňská pánev, Kozí vršek – přírodní památka
Na severním okraji obce Vlkov (okres Tábor), hned za železničním náspem, je malý rulový kopeček, dříve využívaný jako pastvina. Jedná se o území rozlohou nevelké, zaujímá jen 0,38 hektaru.
Třeboňská pánev, Písečný přesyp u Vlkova – přírodní rezervace
Nedaleko vesničky Vlkov, směrem k Veselí nad Lužnicí, se nalézá jeden z nemnoha zbylých písečných přesypů u nás, vyhlášený roku 1954 jako chráněné území, dnes se statutem přírodní rezervace. Jedná se o nevelký zbytek písečné duny o rozměrech asi 60 × 80 m a je zde možno spatřit volný písek a některé vzácné druhy rostlin a hmyzu. Písečný přesyp se nalézá na severním okraji CHKO Třeboňsko a cenný je tedy nejen samotný přesyp, ale i jeho okolí.
Třeboňská pánev, Rod – přírodní rezervace
Na východ od jihočeské obce Frahelž (okres Jindřichův Hradec) se nalézá Nadějská rybniční soustava. Patří do ní také rybník Rod s rákosinami, s plovoucími zblochanovými ostrovy a se zrašeliněným východním břehem, chráněný od roku 1990 jako stejnojmenná přírodní rezervace o výměře 36 ha. Důvodem k vyhlášení chráněného území bylo významné hnízdiště vodního ptactva a cenná květena na rašeliništi. Rybník je v současnosti značně eutrofizovaný, rašeliniště stále ještě hostí řadu cenných druhů rostlin a bezobratlých.
Trojmezenská hornatina, Plešné jezero – 1. zóna Národního parku Šumava
Na české straně Šumava většinou nedělá dojem vysokého pohoří. Mnohem častěji zde najdeme táhlé svahy a zvlněné pláně. Míst, kde působí dojmem skutečně velkých hor, je nemnoho: na rozdíl od bavorské strany, která docela strmí z údolí Dunaje. K těm výjimečným místům, kde se návštěvník potká se opravdovým horským reliéfem, patří kary šumavských jezer. Je jich celkem osm, z toho pět na straně české a tři na straně bavorské. Nejjižnější z šumavských jezer leží na severovýchodním svahu hory Plešný.
Volyňské Předšumaví, Pastvina u Přešťovic – přírodní památka
Přírodní památka Pastvina u Přešťovic, která byla vyhlášena v roce 1985 na ploše 1,3 ha, se nachází asi 2 km východně od Strakonic, nedaleko od výpadovky na Prahu. Jedná se o vcelku nenápadné území s cennými suchomilnými trávníky a s neméně cennými plochami s nezapojeným rostlinstvem. Výskyt vzácných druhů rostlin je podmíněn vápencovým podložím, cenné plochy jsou tvořeny jednak bývalou pastvinou a jednak těmi částmi opuštěných vápencových lůmků, jež nezarostly dřevinami.
Vyšebrodsko, Čertova stěna-Luč – národní přírodní rezervace
Na jihu českokrumlovského okresu se nachází velmi pozoruhodné místo: řeka Vltava zde vytváří hluboké údolí, v němž překonává terénní stupeň balvanitým peřejnatým tokem sevřeným mezi strmé balvanité svahy. Na nich byla postupně vyhlašována chráněná území, již v roce 1935 to byla státní přírodní rezervace Luč, v roce 1956 ji doplnila rezervace Čertova stěna. V roce 1992 byla obě tato území propojena, takže vzniklo jediné rozsáhlé chráněné území o rozloze 132,6 ha.