Vybrané druhy mechorostů nebyly až do nedávné doby na území naší republiky vůbec chráněny. Jejich ochrana byla sice v minulosti zmiňována například i v Červené knize 4, avšak v tomto případě se nejednalo přímo o ochranu druhovou, nýbrž jen o doporučení managementových opatření pro lokality s výskytem vzácných druhů. Změnu přinesl až vstup ČR do EU a nutnost přizpůsobit naší legislativu evropské.
Právní ochranu mechorostů u nás zajišťuje vyhláška č. 166/2005 Sb., která zahrnuje pouze druhy uvedené v přílohách Směrnice o stanovištích (č. 92/43 EHS).
Z druhů zařazených do přílohy II Směrnice o stanovištích, vyžadujících zvláštní územní ochranu, a které zároveň patří i mezi evropsky ohrožené druhy chráněné Bernskou úmluvou, je z území naší republiky známo jen 8 druhů.
Kýlnatka korutanská (Scapania carinthiaca) a poparka dlouhoštětá (Meesia longiseta) jsou zařazeny mezi regionálně vyhynulé druhy bryoflóry ČR. Šurpek Rogerův (Orthotrichum rogeri) a vycpávka okrouhlá (Notothylas orbicularis) jsou nezvěstné druhy bryoflóry ČR.
Recentní výskyt je potvrzen jen u 4 druhů. Jedná se o druhy:

srpnatka fermežová (Hamatocaulis vernicosus)
šikoušek zelený (Buxbaumia viridis)
mozolovka skalní (Mannia triandra)
dvouhrotec zelený (Dicranum viride)

U těchto 4 druhů byly revidovány lokality. Mozolovka skalní roste na jediné lokalitě, dvouhrotec zelený na čtyřech. Všechny tyto lokality byly zahrnuty do tzv. druhových lokalit.
Šikoušek zelený byl po revizi znám ze 36 lokalit, z nichž 23 bylo navrženo na ochranu. Srpnatka byla známa z 24 lokalit, z nichž 16 bylo navrženo na ochranu. V celé ČR bylo navrženo 33 evropsky významných lokalit (EVL), které chrání nějaký druh mechorostu.
Do přílohy V Směrnice o stanovištích jsou zařazeny druhy, jejichž odebírání z volné přírody a využívání může být předmětem určitých opatření na jejich obhospodařování. Těmito druhy je bělomech sivý (Leucobryum glaucum) a celý rod rašeliník (Sphagnum), který v ČR má 34 recentně známých druhů.
V roce 2005 byl publikován Červený seznam mechorostů (Kučera J. a Váňa J.), který dělí druhy do deseti kategorií podle jejich ohrožení.
Mechorosty na skále
Literatura: Kučera J. a Váňa J. (2005): Seznam a Červený seznam mechorostů České republiky. – Příroda, Praha, 23:1–104.