Přírodní rezervace Podhoří je nejcennějším chráněným územím v Trojské kotlině. Strmé skalní srázy (se 100 metrovým převýšením) nad údolím Vltavy daly vznik unikátním společenstvům, která chrání řadu rostlin a živočichů. Vrcholové části navazují na sídliště Bohnice.
Velká rozmanitost společenstev je dána velkým rozdílem mikroklimatu a mikroreliéfu. Celé území lze rozlišit na dva odlišné celky: na jižní část s mírnějšími úklony svahů (pod výšinným sídlištěm Na Farkách) a na severní část (zvanou Kalvárie) se strmějšími úklony skal a mezi nimi s hlubokými erozními rýhami.
Skalní srázy jsou tvořeny horninami typu algonkických drob a algonkických břidlic, prostoupených narezavělými žílami porfyritu (viditelně patrné zejména v polovině severní části Podhoří).
Vegetační pokryv je z největší části určován kyselými břidlicemi. V místech sprašových návějí (na okrajích svahů) se vyvinula druhově bohatší stepní společenstva s převahou kostřavy walliské (Festuca valesiaca) a trýzelu škardolistého (Erysimum crepidifolium). Z dalších doprovodných druhů je možné zmínit čistec přímý (Stachys recta), chrpa latnatá (Centaurea stoebe), pryšec chvojka (Euphorbia cyparissias) nebo smělek štíhlý (Koeleria macrantha).
Na méně strmých svazích nalezneme již poněkud odlišná společenstva, která jsou již více ovlivňována kyselými břidlicemi. Převažuje tařinka horská (Alyssum montanum) a mochna písečná (Potentilla arenaria), z dalších druhů se objevuje rozchodník bílý (Sedum album) a některé druhy kavylů (kavyl vláskovitý – Stipa capillata, kavyl Ivanův – Stipa pennata).
Na nejstrmějších svazích se vyvinula teplomilná společenstva s převahou kostřavy sivé (Festuca pallens) a tařice skalní (Aurinia saxatilis), která svými drobnými žlutými květy v bohatě rozvětveném složeném květenství zkrášluje zdejší skalní srázy. Z dalších druhů je možné zmínit zvonek jemný (Campanula gentilis), jestřábník bledý (Hieracium schmidtii), lociku vytrvalou (Lactuca perennis), koniklec luční český (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica) nebo skalník obecný (Cotoneaster integerrimus).
V zářezech roklí nalezneme společenstva křovin s rostlinami lesostepního charakteru náročnější na vlhkost a hlubší a výživnější půdy. Určitě nepřehlédnete třemdavu bílou (Dictamnus albus), bylinu až půl metru vysokou s lichozpeřenými listy a nápadnými růžovými květy. Rostlina produkuje velké množství příjemně vonných silic, které způsobují kožní záněty, silice se dají také zapálit. Dříve se její bílé kořeny užívaly v lékařství, proto také označení „bílá“. Často naleznete také kakost krvavý (Geranium sanguineum), vzácněji žluťuchu menší (Thalictrum minus), řimbabu chocholičnatou (Pyrethrum corymbosum) nebo kokořík lékařský (Polygonatum odoratum).