Předmětem ochrany pražské přírodní památky Opatřilka – Červený lom je především geologický fenomén – jedná se o klasické geologické profily svrchním silurem až spodním devonem, s řadou mezinárodně významných geologických profilů a nalezišť zkamenělin. Přesto svou polohou mezi národní přírodní památkou Dalejský profil a přírodní rezervací Prokopské údolí (tzn. územími cennými řadou význačných společenstev a vzácných a chráněných druhů) představuje co do počtu rostlinných druhů poměrně bohaté území.
Území je tvořeno opuštěným lomem a skalnatými svahy na levém břehu Dalejského potoka, v nadmořské výšce okolo 300 metrů. Jako chráněné území bylo vyhlášeno v roce 1982 na ploše 8,2 hektarů. Nejcennější částí jsou výslunné travnaté stráně a skalnaté svahy v severní části území. Méně hodnotnými jsou nepůvodní lesní porosty s trnovníkem akátem (Robinia pseudacacia) a borovicí černou (Pinus nigra) nebo ruderalizovaná místa v okolí železniční trati, v okolí cest a jejích okrajů, zahrádek apod. Synantropní druhy tvoří až třetinu celkové flóry chráněného území.
Mozaikovitost porostů na výslunných stráních je ovlivněna hloubkou půdního horizontu a sklonem a orientací svahu. Větší část svahů na mírnějších sklonech a mělkých půdách tvoří travinná společenstva řádu Festucetalia valesiaceae, nejčastěji ve společenstvu asociace Erysimo crepidifolii-Festucetum valesiaceae. Jak název napovídá, jsou tvořeny zejména kostřavou walliskou (Festuca valesiaca) a trýzelem škardolistým (Erysimum crepidifolium).
Častěji rozšířeným jsou také společenstva řádu Brometalia erecti pojmenovaném podle nápadné trávy – sveřepu vzpřímeného (Bromus erectus). Druhy tohoto společenstva vyhledávají hlubší půdy a oproti předchozímu tvoří zapojené trávníky. Zejména v úžlabinách a na zazemněné suti roste společně s dalším druhem trávy – válečkou prapořitou (Brachypodium pinnatum) a s hlaváčem bledožlutým (Scabiosa ochroleuca) a vytváří společenstvo širokolistých válečkových trávníků asociace Scabioso ochroleuceae-Brachypodium pinnati. Doplňují je další druhy jako pcháč bezlodyžný (Cirsium acaule) nebo řepík lékařský (Agrimonia eupatoria).
Na jižně orientovaných svazích neporušených lomovou činností, v místech kde vystupují strmé skalní stěny, se daří společenstvu seselu sivého (Seseli osseum) a kostřavy sivé (Festuca pallens; as. Seselio glauci-Festucetum pallentis). Toto společenstvo doplňuje např. ožanka kalamandra (Teucrium chamaedrys) nebo devaterník šedý (Helianthemum canum).
Seznam vybraných druhů nalezených v přírodní památce Opatřilka – Červený lom:
Agrimonia eupatoria
Arrhenatherum elatius
Artemisia campestris
Asperula cynanchica
Asplenium ruta-muraria
Asplenium trichomanes
Botriochloa ischaemum
Brachypodium pinnatum
Bromus erectus
Centaurea stoebe
Cirsium acaule
Cotoneaster integerrimus
Dianthus carthusianorum
Echium vulgare
Eryngium campestre
Erysimum crepidifolium
Euphorbia cyparissias
Festuca pallens
Festuca rupicola
Festuca valesiaca
Galatella linosyris
Galium glaucum
Helianthemum canum
Hypericum perforatum
Pilosella officinarum
Pinus nigra
Potentilla argentea
Potentilla incana
Robinia pseudacacia
Salvia pratensis
Scabiosa ochroleuca
Sedum sexangulare
Seseli osseum
Silene otites
Stachys recta
Teucrium chamaedrys
Thymus pannonicus
Fotografováno dne 14. 8. 2007.
Projekt Popularizace a propagace ochrany zvláště chráněných druhů rostlin a zvláště chráněných území Prahy je realizován s finančním přispěním Hlavního města Prahy.