Prokopské údolí patří bezesporu k přírodovědně nejhodnotnějším lokalitám na území Prahy. Je to nepochybně dáno geologickým podkladem a značnou pestrostí stanovišť, která zahrnují jak výslunné skalní stepi, teplomilné trávníky, křovinaté stráně, tak lužní, suťové lesy a dubohabřiny a podél Dalejského potoka také nivní louky.
Prokopské údolí není izolováno uprostřed městské zástavby, ale navazuje na západně probíhající Dalejské údolí (za přírodní památkou Opatřilka-Červený lom a národní přírodní památkou U Nového mlýna). Východně na ni navazuje několik menších chráněných území, zejména přírodní památka Ctirad. Svým rozsahem kolem 130 hektarů zahrnuje velké přírodní území mezi městskými částmi Nové Butovice, Holyně, Hlubočepy a Zlíchov. Z větší části je součástí již vyhlášené přírodní rezervace Prokopské údolí.
Z geologického hlediska se jedná o jeden z nejdůležitějších geologických profilů pražské prvohorní pánve ze svrchního ordoviku, siluru, spodního a středního devonu. Mimo převažujících vápenců jsou podkladem svrchnoordovické křemence, břidlice a též křídové pískovce. V části území jsou patrné projevy silurského podmořského vulkanismu.
Přirozené lesní porosty se zachovaly na méně přístupných svazích. Suťové a roklinové lesy, resp. habrová javořina, se vyvinula na severně orientovaných svazích. Tvoří je javory (Acer platanoides, A. pseudoplatanus), habry (Carpinus betulus) a lípy (Tilia platyphyllos) s bohatým bylinným patrem tvořených dymnivkami (Corydalis sp.). Podobně bohaté bylinné patro se vyvinulo na mírnějších svazích na hnědozemi v černýšové dubohabřině.
Z velké části je území nevhodně zalesněno výsadbami akátu (Robinia pseudacacia), borovice černé (Pinus nigra), borovice lesní (Pinus sylvestris), dubem červeným (Quercus rubra), smrkem (Picea abies) a jírovcem (Aesculus hippocastanum). Naopak pěkné jsou porosty rozvolněných teplomilných doubrav s dubem pýřitým (Quercus pubescens), kakostem krvavým (Geranium sanguineum), silenkou hajní (Silene nemoralis) nebo s hladýšem širolistým (Laserpitium latifolium).
Na skalnatých svazích jižní orientace a na vrcholech skal s mělkou vrstvou půdy se uplatňuje společenstvo skalních stepí tvořené nízkými trávníky s kostřavou walliskou (Festuca valesiaca) a kostřavou žlábkatou (Festuca rupicola) a místy také s velkou pokryvností dalších xerotermních druhů, jako je např. trýzel škardolistý (Erysimum crepidifolium) nebo mochna písečná (Potentilla incana).
Na severních a severozápadních svazích, jejichž podkladem jsou vápence a diabasy, se vyvinuly suché pěchavové trávníky s prvosenkou jarní (Primula veris) a pěchavou vápnomilnou (Sesleria caerulea), jižní úklony hostí společenstvo devaterníku šedého (Helianthemum canum) a ostřice nízké (Carex humilis).
Strmé výslunné skály hostí mezernaté společenstvo seselu sivého (Seseli osseum) a kostřavy sivé (Festuca pallens). Tato společenstva jsou doplněna bazifilními a teplomilnými druhy, jako je pelyněk ladní (Artemisia campestris), mařinka psí (Asperula cyanchica), chrpa latnatá (Centaurea stoebe) nebo svízel sivý (Galium glaucum).
Na středně hlubokých až hlubokých půdách, v zazemněných úžlabinách nebo na mírných úvalech jsou vyvinuty širokolisté trávníky s hlaváčem žlutavým (Scabiosa ochroleuca) a válečkou prapořitou (Brachypodium pinnatum). Častými průvodci bývá ostřice nízká (Carex humilis), kostřava žlábkatá (Festuca rupicola) a sveřep vzpřímený (Bromus erectus).
Osobitý pokryv, odlišný od zbytku Prokopského údolí, se nachází na diabasovém hřbetu (bývalé sopky) zvaném Hemrovy skály, který leží poblíž Nové Vsi. Vegetační pokryv je zde obzvláště chudý s výskytem povětšinou časně jarních rostlin. Na jižních svazích se zapojenější vegetací, roste společenstvo tařice horské (Alyssum montanum) a mochny písečné (Potentilla incana) se vzácným česnekem tuhým (Allium strictum), ale i koniklecem lučním českým (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica).
V uvedených společenstvech se vyskytuje velké množství chráněných a ohrožených druhů většinou vázaných na stepní společenstva a skály, ať už jde o kavyly (Stipa capillata, Stipa pennata a Stipa pulcherrima), kozince (Astragalus danicus), křivatce (Gagea transversalis, Gagea bohemica), žluťuchu smrdutou (Thalictrum foetidum), kosatec bezlistý (Iris aphylla), oman srstnatý (Inula hirta), vlnici chlupatou (Oxytropis pilosa) a mnohé další.
Fotografováno dne 11. 6. 2009.
Projekt Popularizace a propagace ochrany zvláště chráněných druhů rostlin a zvláště chráněných území Prahy je realizován s finančním přispěním Hlavního města Prahy.