Rastlinstvo Tatranského národného parku je v rámci jeho územia veľmi rôznorodé, čo je spôsobené viacerými faktormi. Medzi najvýznamnejšie patrí príslušnosť častí územia národného parku podľa geomorfologického a fytogeografického členenia Slovenska, nadmorskej výšky (vegetačné pásma), horninového podkladu a vodného režimu. V území TANAPu a jeho ochranného pásma môžeme vylíšiť 5 vegetačných pásiem a členenie na jednotlivé pásma môžeme použiť na stručnú a prehľadnú floristickú charakteristiku územia.
Podhorský stupeň tvorí najnižšie položené časti územia do nadmorskej výšky približne 800 m. Tento stupeň bol počas historického vývoja územia pod najväčším tlakom antropickej činnosti a najmä z tohoto dôvodu je súčasný vegetačný kryt oproti pôvodnému výrazne pozmenený. Prevažná časť územia podhorského stupňa bola postupne odlesnená a premenená na lúky, pasienky a poľnohospodársku pôdu. Vznikli tu na veľkých plochách náhradné rastlinné spoločenstvá, ktoré si vďaka extenzívnemu využívaniu udržali vysokú biodiverzitu a pestrosť spoločenstiev. Charakteristické pre podhorský stupeň bolo sústredenie väčšieho počtu slatinných rašelinísk, ktoré sa vyskytovali vo viac menej súvislom páse v podhorí celého územia od Oravíc, okolia Zuberca, celého južného podhoria Západných Tatier a ďalej od Štrby na východ až po Podspády.
Intenzifikácia poľnohospodárskej výroby najmä v 60-tych až 80-tych rokoch minulého storočia sa negatívne prejavila na zložení vegetácie. Veľkoplošné rekultivácie a meliorácie, aplikácia umelých hnojív zdecimovali pôvodne pestré spoločenstvá na zvyšky, prevažne iba na plochách, ktoré sa nedali inak využívať alebo ostali ušetrené vďaka prírodným pomerom (veľký sklon, vysoká hladina podzemnej vody, relatívna neprístupnosť a vzdialenosť od ľudských sídiel). V súčasnosti sa zvyšky lúčnych spoločenstiev zachovali iba v podhorí Západných, v menšej miere aj Vysokých Tatier – okolie Pribyliny, Liptovskej Kokavy, Východnej až po Važec. Vo východnej časti územia TANAPu iba ojedinele na malých plochách. Z množstva slatinných rašelinísk sa zachovali iba viac či menej ľudskou činnosťou negatívne poznačené zvyšky, najmä v oblasti Oravíc, Zuberca, v južnej časti územia okolo Pribyliny, Východnej, Važca, Štrby, smerom na východ iba ojedinele v kontakte s „Veľkým tatranským lesom“. Najväčšie a najvýznamnejšie slatinné rašelinisko, nielen TANAP-u, ale v rámci celého Slovenska, je v prírodnej rezervácii Belianske lúky. Zvyšky lúčnych aj rašelinných spoločenstiev, ktoré neboli priamo zlikvidované, sú v súčasnosti ohrozené najmä sekundárnou sukcesiou (zarastaním náletovými drevinami) vplyvom absencie extenzívneho obhospodarovania (kosenie, pastva). Zvyšky lesných porastov v tomto stupni tvoria prevažne sekundárne smrečiny. Miestami sa zachovali dobre vyvinuté brehové porasty, na rieke Belej aj s myrikovkou nemeckou (Myricaria germanica). Tento vegetačný stupeň sa v prevažnej miere nachádza v ochrannom pásme TANAP-u, do územia samotného národného parku zasahuje iba okrajovo (oblasť Oravíc, Podbánska).
Vybrané charakteristické rastlinné druhy podhorského stupňa na území TANAPu: betonika lekárska (Betonica officinalis), čertkus lúčny (Succisa pratensis), jesienka obyčajná (Colchicum autumnale), kozobrada východná (Tragopogon orientalis), margaréta biela (Leucanthemum vulgare), medúnok vlnatý (Holcus lanatus), rebríček obyčajný (Achillea millefolium), nevädza lúčna (Centaurea jacea), páperník širokolistý (Eriophorum latifolium), pichliač zelinový (Cirsium oleraceum), psiarka lúčna (Alopecurus pratensis), reznačka laločnatá (Dactylis glomerata), tomka voňavá (Anthoxanthum odoratum), traslica prostredná (Briza media), valeriána celistvolistá (Valeriana simplicifolia), zvonček konáristý (Campanula patula).
Vybrané vzácne a ohrozené druhy rastlín, v TANAPe s ťažiskom výskytu v podhorskom vegetačnom stupni: diablik močiarny (Calla palustris §, CR), horec pľúcny (Gentiana pneumonanthe §, EN), kosatec sibírsky (Iris sibirica §, VU), mečík strechovitý (Gladiolus imbricatus §, VU), ostrica Davallova (Carex davalliana, VU), ostrica dvojdomá (Carex dioica §, EN), ostrica výbežkatá (Carex chordorrhiza, §, CR), ostrica plstnatoplodá (Carex lasiocarpa §, VU), päťprstnica obyčajná (Gymnadenia conopsea §, VU), päťprstnica hustokvetá (Gymnadenia densiflora §, EN), prvosienka pomúčená (Primula farinosa §, EN), rosička okrúhlolistá (Drosera rotundifolia §, EN), tučnica obyčajná (Pinguicula vulgaris §, EN), vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata §, EN), červenohlav obyčajný (Anacamptis morio §, VU), neotinea počerná letná (Neotinea ustulata subsp. aestivalis §, EN), vstavačovec laponský (Dactylorhiza lapponica §, EN), vstavačovec májový (Dactylorhiza majalis §, VU), vstavačovec strmolistý (Dactylorhiza incarnata §, EN), všivec lesný (Pedicularis sylvatica §, EN), všivec žezlovitý (Pedicularis sceptrum-carolinum §, CR).
Horský stupeň nadväzuje na podhorský stupeň od výšok 800 m a končí hornou hranicou lesa, pôvodne v nadmorskej výške cca 1600–1700 m. Dnes, vplyvom zníženia hornej hranice ľudskou činnosťou (najmä pasenie), vo Vysokých Tatrách vystupuje les priemerne zhruba do 1440 m, v Belianskych Tatrách do výšky 1380 m. Aj v horskom stupni sa výrazne prejavila ľudská činnosť. Okrem zníženia hornej hranice lesa je to aj zmena druhového zloženia, resp. štruktúry lesných porastov. V súčasnosti sú veľké plochy pokryté rovnakovekými smrekovými monokultúrami, ktoré sú na mnohých častiach územia národného parku ohrozené vetrovými kalamitami a premnožením škodcov. K mimoriadnej udalosti došlo po veternej smršti 19. novembra 2004, kedy bolo poškodených viac ako 12 000 ha lesných porastov. Vegetácia tohoto vegetačného stupňa je pomerne chudobná a monotónna aj na veľkých plochách (prevažujú čučoriedkové smrečiny), pestrosťou vynikajú viac lesy na vápencovom podklade (Juráňova dolina, Osobitá, Suchá dolina, Mních, Suchý Hrádok, Hrádok nad Pavúčou dolinou, Monkova a Tristárska dolina, Dolina Siedmych prameňov). V horskom stupni je sústredený aj relatívne vysoký počet, najmä lesných, ale aj nelesných rašelinísk (oblasť medzi Bielym Váhom a Štrbským plesom nad Cestou slobody, NPR Uhliščatká, NPR Mokriny, okolie Podspádov). Viaceré z nich vznikli zazemnením plies a patria medzi najvýznamnejšie rašeliniská národného parku (napr. PR Rašelinisko, Slepé pleso, Christlová). Patria medzi málo typov biotopov, kde možno sledovať primárnu sukcesiu (v tomto prípade od otvorenej vodnej hladiny po les).
V súčasnosti je vegetácia horského stupňa ohrozená najmä ťažbou dreva, resp. spracovávaním kalamít, stavbou ciest (zničenie rašeliniska s výskytom rojovníka močiarneho v NPR Mokriny vybudovaním lesnej cesty, obrovský zásah predstavovalo vybudovanie Cesty slobody), v neposlednom rade zástavbou v tatranských osadách.
Vybrané charakteristické rastlinné druhy horského stupňa na území TANAPu: brusnica čučoriedková (Vaccinium myrtillus), brusnica pravá (Vaccinium vitis-idaea), čermeľ lesný (Melampyrum sylvaticum), horec luskáčovitý (Gentiana asclepiadea), chlpaňa chlpatá (Luzula pilosa), chlpaňa lesná (Luzula sylvatica), jarmanka väčšia (Astrantia major), jednokvietok veľkokvetý (Moneses uniflora), ľalia zlatohlavá (Lilium martagon), lipnica hájna (Poa nemoralis), lykovec jedovatý (Daphne mezereum), sedmokvietok európsky (Trientalis europaea), smlz trsťovitý (Calamagrostis arundinacea), srnovník purpurový (Prenanthes purpurea), starček hájny (Senecio nemorensis), škripina lesná (Scirpus sylvaticus), tôňovka dvojlistá (Maianthemum bifolium), valeriána trojená (Valeriana tripteris), vranovec štvorlistý (Paris quadrifolia), vres obyčajný (Calluna vulgaris), zlatobyľ obyčajná (Solidago virgaurea).
Vybrané vzácne a ohrozené druhy rastlín, v TANAPe s ťažiskom výskytu v horskom vegetačnom stupni: andromédka sivolistá (Andromeda polifolia §, EN), blatnica močiarna (Scheuchzeria palustris §, CR), bradáčik srdcovitý (Listera cordata §, EN), črievičník papučkový (Cypripedium calceolus §, VU), hruštička zelená (Pyrola chlorantha §, VU), kľukva močiarna (Vaccinium oxycoccos §, CR), ostrica barinná (Carex limosa §, CR), ostrica málokvetá (Carex pauciflora §, EN), poniklec slovenský (Pulsatilla slavica §, EN), rebrovka rôznolistá (Blechnum spicant §, VU), rojovník močiarny (Ledum palustre §, CR), sklenobyľ bezlistá (Epipogium aphyllum §, EN), vstavačovec Fuchsov (Dactylorhiza fuchsii §, VU), vstavačovec škvrnitý (Dactylorhiza maculata §, CR), tozzia karpatská (Tozzia carpathica §, NT), zbehovec ihlanovitý (Ajuga pyramidalis §, CR).
