První snahy o vytvoření botanické zahrady v pražské Troji se datují k počátkům první republiky a nepřímo navazovaly na existenci Pomologického ústavu. Velkostatkář Antonín Svoboda daroval státu rozsáhlé pozemky pro výstavbu botanické zahrady, zoologické zahrady, vědeckých a výchovných ústavů v Troji a Bohnicích. Vznik nové pražské zahrady podporoval také botanik Karel Domin, který si byl vědom, že okolní výstavbou stísněná zahrada Na Slupi má jen malé možnosti dalšího rozvoje. Z velkolepých původních plánů však vznikla pouze ZOO, pozemky určené pro botanickou zahradu byly zastavěny vilkami. Z těchto pozemků dnes zahrada spravuje pouze památkově chráněnou vinici sv. Kláry (od roku 1995).
Velký podíl na vzniku pražské městské zahrady má její první ředitel Jan Jager, který usiloval o její založení od konce 50. let 20. století. V 60. letech los padl na pozemky v okolí ZOO. Dne 29. března 1966 byla usnesením Národního výboru hl. m. Prahy zřízena Pražská botanická zahrada jako osvětově naučné zařízení určené pro krátkodobou rekreaci obyvatel Prahy, s propojením vzdělávací a vědecké funkce. Fakticky však začala zahrada pracovat v roce 1969.
Původní plánovaná rozloha zahrady se pohybovala kolem 130 ha (dnešní rozloha je asi 40 ha a počítá se s intenzivními výsadbami na ploše 27 ha). V 70. a 80. letech byl stabilizován areál a na 4 samostatně oplocených areálech vznikaly první expozice. Ty však byly veřejnosti nepřístupné, otevíraly se pouze při pořádání akcí – např. výstavách kosatců. Zahrada se specializovala na výchovnou činnost, byl v ní botanický kroužek, pořádaly se přednášky. Také však vznikaly rozsáhlé sbírky listnatých i jehličnatých dřevin, kosatců, cibulovin a bonsají.
V roce 1992 se otvírá první veřejně přístupná expozice, navržená zahradní architektkou Jindrou Vavřínovou. Atraktivně navržený centrální záhon, velké trávníky i rozložení výsadeb akceptovalo barokní ráz krajiny, který je daný kaplí sv. Kláry a Trojským zámkem. Původní výsadby byly doplněny expozicí bambusů v roce 1995, drobnými skalkami a expozicemi léčivých a jedovatých rostlin.
V roce 1997 se otevírá snad nejhezčí část botanické zahrady – Asijská zahrada a skalky s flórou Středomoří a Turecka. Podél zdi vinice vznikla expozice vřesoviště.
Výstavba tropických skleníků se začala připravovat v roce 1994. Skleník Fata Morgana byl otevřen pro veřejnost až v červnu 2004. Jeho expoziční plocha má rozlohu kolem 1750 m2.
Od roku 2003 byl o akcích otevřen areál původní Dendroškolky. Dnes je přístupna o víkendech během sezóny. Zvláště na jaře jsou zde atraktivní expozice hajniček, pivoňková louka s dřevitými i bylinnými pivoňkami, expozice suché severoamerické krajiny s kaktusy a jukami.
V botanické zahradě se pěstuje asi 20 tisíc taxonů a kultonů rostlin. K nejvýznamnějším sbírkám patří cibuloviny, z nichž velká část pochází z expedičních sběrů ve Středomoří, Turecku a Číně. Významné jsou sbírky zahradních trvalek – především sbírky kosatců, denivek a pivoněk patří k největším ve střední Evropě. Zajímavý je také program konzervace původních českých odrůd, který zahrada připravuje.
I pro dendrology se najde pár zajímavých exponátů. Významná je sbírka stálezelených listnatých dřevin. Ojedinělá je také kolekce tamaryšků a další pouštních dřevin ze Střední Asie a západní Číny. Rostliny jsou však zatím příliš malé, takže bude trvat několik let, než se s nimi návštěvník seznámí.
Samozřejmě nemůžeme vynechat tropické sbírky – největší českou kolekci láčkovek, palem a cykasů.
Botanická zahrada se stará o chráněná území Havránka a Salabka, archeopark a provozuje naučnou stezku. V současnosti se uvažuje o reorganizaci zahrady a jejím sloučení se ZOO.
Fotografovali Pavel Sekerka a Ladislav Hoskovec.