Subalpínsky stupeň nadväzuje na horský stupeň a končí hornou hranicou súvislého výskytu kosodreviny vo výške probližne 1800 m n. m. Pôvodné súvislé kosodrevinové porasty, do ktorých ešte z drevín zasahovala borovica limba, boli v uplynulých storočiach zdecimované najmä kvôli pasienkom. Najviac boli ľudskou činnosťou poznačené porasty kosodreviny v Belianskych Tatrách, kde bolo pasenie ukončené až po vyhlásení Tatranského národného parku, v 50-tych rokoch uplynulého storočia. Výrazne bol pastvou ovplyvnený stupeň kosodreviny aj v Západných Tatrách. Tu sa páslo v niektorých častiach, napr. v Račkovej doline, až do roku 1986, kedy bolo územie Západných Tatier pripojené k územiu národného parku.
Pôvodná vegetácia subalpínskeho stupňa bola na veľkých plochách veľmi chudobná, pretože pod súvislým porastom kosodreviny dokáže prežiť iba málo druhov rastlín. Pestrejšia vegetácia existovala iba popri horských potokoch, v žľaboch a na skalnatých miestach. Po odstránení kosodreviny vznikli druhotné subalpínske lúky, ktoré, najmä na vápencovom podklade, vynikajú veľmi veľkou bohatosťou druhov a radia sa k najbohatším a najkrajším stanovištiam západokarpatskej horskej flóry vôbec. V súčasnosti, po ukončení pasenia, je tento stupeň ohrozený priamou ľudskou činnosťou omnoho menej. Nevhodným sa ukázalo vysádzanie kosodreviny, najmä v oblastiach s bohatou horskou flórou. Aj v tomto vegetačnom stupni sa prejavuje sekundárna sukcesia, ktorá po ukončení pasenia nastupuje pomerne rýchlo a znamená postupný zánik pre mnohé lokality bohatej horskej flóry (Osobitá, masív Sivého vrchu, Tomanova dolina a inde). Miestami, na miestach pôvodných salašov a košarovania, sú dodnes porasty eutrofných druhov rastlín (štiav, žihľava).
Vybrané charakteristické rastlinné druhy subalpínskeho stupňa na území TANAPu: bieloprst belavý (Pseudorchis albida §, EN), horec Clusiov (Gentiana clusii §, VU), kamzičník rakúsky (Doronicum austriacum), klinček pyšný alpínsky (Dianthus superbus subsp. alpestris §, VU), kortúza Matthioliho (Primula matthioli), kozinec alpínsky (Astragalus alpinus §, VU), mačucha cesnačkovitá (Adenostyles alliariae), pochybok mliečny (Androsace lactea), pochybok nízky (Androsace chamaejasme), prerastlík iskerníkovitý (Bupleurum ranunculoides), prvosienka holá (Primula auricula §, VU), rutovník koriandrolistý (Callianthemum coriandrifolium §, VU), sekernica tmavá (Hedysarum hedysaroides §, VU), škarda hnidomorolistá (Crepis conyzifolia VU), šucha obojpohlavná (Empetrum hermaphroditum), tučnica alpínska (Pinguicula alpina §, VU), veternica narcisokvetá (Anemone narcissiflora), všivec karpatský (Pedicularis hacquetii §, VU).
Vybrané vzácne a ohrozené druhy rastlín, v TANAPe s ťažiskom výskytu v subalpínskom vegetačnom stupni: chudôbka kaukazká (Draba siliquosa §, CR), fialka alpínska (Viola alpina §, VU), iskerník obličkolistý (Ranunculus thora §, VU), iskerník vysokotatranský (Ranunculus altitatrensis §, CR), iskerník zakoreňujúci (Ranunculus reptans §, CR), ježohlav úzkolistý (Sparganium angustifolium §, CR), klinček lesklý (Dianthus nitidus §, NT), kľukva drobnolodá (Oxycoccus microcarpus §, CR), kosatka nízka (Tofieldia pusilla §, CR), kostravec fialový (Bellardiochloa variegata §, CR), lomikameň ovisnutý (Saxifraga cernua §, CR), medvedík alpínsky (Arctous alpina §, CR), očianka bezosťová (Euphrasia exaristata §, EN), ostrica skalná (Carex rupestris §, EN), páperník alpínsky (Trichophorum alpinum §, CR), páperník trsnatý (Trichophorum cespitosum §, CR), prvosienka dlhokvetá plocholistá (Primula halleri subsp. platyphylla §, CR), ďatelina lupinovitá (Trifolium romanicum §, CR), vičenec horský (Onobrychis montana §, EN).
Alpínsky stupeň nadväzuje na subalpínsky stupeň a siaha do výšky asi 2300 m n. m. Tvoria ho pôvodné, primárne, alpínske lúky, ktoré sa rozprestierajú nad pásmom kosodreviny, takzvané hole. Najlepšie sú alpínske lúky vyvinuté v Západných, ale aj Belianskych Tatrách, vo Vysokých Tatrách, najmä vplyvom geomorfológie, nie sú vyvinuté až na takých plochách. Vplyvom drsného podnebia tu už nedokážu, okrem drobných plazivých vŕb, rásť žiadne dreviny a vegetačný kryt tvoria najmä viaceré druhy tráv, veľké plochy zaberá sitina trojzárezová (Juncus trifidus). Rastlinstvo je pestré na vápencovom podklade, naopak na žulách Západných a aj Vysokých Tatier je pomerne fádne, s malým počtom druhov. V minulosti sa z ľudských činností prejavovalo iba pasenie, v súčasnosti tu pôsobí, v porovnaní s nižšie položenými vegetačnými stupňami, iba málo antropogénnych faktorov. Najväčší dopad na vegetáciu má neusmernená turistika (zošľapovanie, znečisťovanie odpadkami) najmä v okolí horských chát (napríklad Solisko, Zbojnícka chata, Téryho chata).
Vybrané charakteristické rastlinné druhy alpínskeho stupňa na území TANAPu: horec bodkovaný (Gentiana punctata §, NT), horec ľadový (Gentiana frigida §, NT), klinček ľadovcový (Dianthus glacialis §, VU), ľaľujka neskorá (Gagea serotina NT), lomikameň trváci (Saxifraga wahlenbergii §, EN), pakrálik alpínsky (Leucanthemopsis alpina VU), piesočnica brvitá (Arenaria tenella VU), poniklec biely (Pulsatilla scherfelii), rozchodnica ružová (Rhodiola rosea VU), silenka bezbyľová (Silene acaulis §, NT), štiavik dvojbliznový (Oxyria digyna), všivec Oederov (Pedicularis oederi §, VU), vŕba bylinná (Salix herbacea §, EN), vŕba sieťkovaná (Salix reticulata §, VU), zvonček alpínsky (Campanula alpina).
Vybrané vzácne a ohrozené druhy rastlín, v TANAPe s ťažiskom výskytu v alpínskom vegetačnom stupni: chudôbka bledožltá (Draba fladnizensis §, CR), chudôbka plstnatá (Draba tomentosa §), kozinec nórsky (Astragalus norvegicus §, VU), ostrica černastá (Carex parviflora §, CR), ostrica čiernohnedá (Carex atrofusca §, CR), ostrička myšia (Elyna myosuroides §, CR), ostropysk Hallerov (Oxytropis halleri §, VU), ostropysk karpatský (Oxytropis carpatica §, VU), ostropysk poľný tatranský (Oxytropis campestris subsp. tatrae §, VU), pochybok tupolistý (Androsace obtusifolia §, VU), poniklec jarný (Pulsatilla vernalis §, CR), sitina gaštanová (Juncus castaneus §, CR), stračonôžka tatranská (Delphinium oxysepalum §, VU), pyštek alpínsky (Linaria alpina §, CR), sitina trojplevová (Juncus triglumis §, CR), skalokráska pyrenejská (Petrocallis pyrenaica §, CR), trávnička alpínska (Armeria alpina §, CR), turička jednoduchá (Kobresia simpliciuscula §, CR), vudsia alpínska (Woodsia alpina §, EN).
Subniválny stupeň tvorí najvyšší vegetační stupeň TANAP-u v nadmorských výškach od 2300 m až po najvyššie vrcholy. Vegetácia je chudobná, súvislejší vegetačný kryt neexistuje, rastliny obsadzujú skalné špáry, steny a štrbiny. Výrazne sú zastúpené lišajníky, počet vyšších rastlín je v porovnaní so subalpínskym aj alpínskym stupňom omnoho nižší, zaznamenaných tu bolo asi 120 druhov rastlín, na vrchole Gerlachovského štítu sa vyskytuje ešte 19 druhov kvitnúcich rastlín. Vzhľadom na extrémne podmienky a neprístupnosť sa v minulosti prejavila ľudská činnosť v subniválnom stupni málo a aj v súčasnosti nie je vegetácia v týchto nadmorských výškach priamo ohrozená antropickou činnosťou. Bodové ohrozenie predstavuje vrcholová stanica lanovky na Lomnickom štíte (odpadky), alebo vrcholové partie turisticky často navštevovaných vrcholov (Rysy, Kriváň, Slavkovský štít). Ohrozenie môžu však predstavovať niektoré globálne faktory (napr. spad priemyselných exhalátov z diaľkových zdrojov).
Vybrané charakteristické rastlinné druhy subniválneho stupňa na území TANAPu: iskerník ľadovcový (Ranunculus glacialis §, VU), kamzičník Clusiov (Doronicum clusii §, NT), kurička rozchodníkovitá (Minuartia sedoides), lomikameň protistojnolistý (Saxifraga oppositifolia VU), prvosienka najmenšia (Primula minima §, NT), starček sivý kranský (Senecio incanus subsp. carniolicus VU).
Vybrané vzácne a ohrozené druhy rastlín, v TANAPe s ťažiskom výskytu v subniválnom vegetačnom stupni: iskerník trpaslíčí (Ranunculus pygmaeus §, CR), lomikameň zohnutolistý (Saxifraga retusa §, EN), rožec jednokvetý (Cerastium uniflorum §, VU).
