Z územia Tatranského národného parku je uvádzaných 1398 taxónov cievnatých rastlín. Botanický prieskum územia však nie je dokončený, o čom svedčia nálezy nových druhov pre TANAP v ostatných rokoch, napr. Eriophorum gracile v roku 2003, alebo tesne pri hranici parku lokality druhov Sparganium natans a Carex pulicaris.
Do Červenej listiny endemických, chránených a ohrozených taxónov flóry Tatranského národného parku je zaradených celkovo 432 taxónov vyšších rastlín, pričom zoznam sa týka celého územia TANAP-u, vrátane ochranného pásma.
Do najnovšej verzie Červeného zoznamu papraďorastov a semenných rastlín Slovenska je z taxónov vyskytujúcich sa v území TANAP-u zaradených celkom 257 taxónov (bez taxónov rodu Alchemilla). Z toho v kategórii CR (kriticky ohrozené) 46, v kategórii EN (ohrozené) 48, v kategórii VU (zraniteľné) 102 a v kategórii NT (potencionálne ohrozené) 61 taxónov. Vo vyhláške MŽP SR č. 24/2003 Z. z., ktorou sa vykonáva zákon č. 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny, prílohe č. 5, Zozname chránených a prioritných druhov rastlín, je z vyšších rastlín vyskytujúcich sa v území TANAP-u zaradených 169 taxónov vyšších rastlín. V prílhe č. 4, Zozname druhov európskeho významu, druhov národného významu, druhov vtákov a prioritných druhov, na ktorých ochranu sa vyhlasujú chránené územia, vyhlášky č. MŽP SR č. 24, je z druhov vyskytujúcich sa na území TANAP-u uvedených 82 taxónov.
Z hľadiska flóry a vegetácie Tatranský národný park (aj so svojim ochranným pásmom) predstavuje mimoriadne územie v rámci celého Karpatského oblúka. Na tomto území sa stretáva niekoľko geoelementov, teda rastlinných druhov s viac menej rovnakým rozšírením. Viac do ochranného pásma, ale aj do horského stupňa, zasahuje niekoľko málo druhov patriacich k pontickému, resp. subpontickému geoelementu, napríklad ďatelina horská (Trifolium montanum), trnka obyčajná (Prunus spinosa), ľanolistník prostredný (Thesium linophyllon). Ešte menej je druhov patriacich k submediteránnemu geoelementu, napr. fialka voňavá (Viola odorata) alebo krížavka jarná (Cruciata glabra). V nižších nadmorských výškach sa uplatňujú stredoeurópske druhy, ako silenka červená (Silene dioica), žltuška orlíčkolistá (Thalictrum aquilegiifolium), a boreálne, napr. praslička lesná (Equisetum sylvaticum), jelša sivá (Alnus incana), pristupuje aj niekoľko juhosibírskych druhov. Vo vyšších nadmorských výškach pribúdajú zástupcovia stredoeurópsko-alpského geoelementu – horec Clusiov (Gentiana clusii), iskerník obličkolistý (Ranunculus thora) a arkticko-alpínskeho geoelementu – iskreník ľadovcový (Ranunculus glacialis), vŕba sieťkovaná (Salix reticulata).
K najvýznamnejších floristickým prvkom v území TANAP-u patria jednoznačne endemity a glaciálne relikty a tiež druhy, ktoré majú jedinú prípadne niekoľko málo lokalít výskytu.
V území sa nachádzajú viaceré západokarpatské a (pan)karpatské endemity alebo subendemity. Z pankarpatských endemitov v území TANAP-u rastú: prilbica tuhá (Aconitum firmum), plešivec karpatský (Antennaria carpatica), zvonček hrubokoreňový (Campanula serrata), žerušničník nebadaný (Cardaminopsis neglecta), horčičník Witmannov (Erysimum witmannii), kostrava karpatská (Festuca carpatica), nevädzovec frygický čiernohlavý (Jacea phrygia subsp. melanocalathia), púpavec horský (Leontodon pseudotaraxaci), chlpaňa gaštanová tmavá (Luzula alpinopilosa subsp. obscura), ostropysk poľný tatranský (Oxytropis campestris subsp. tatrae), ostropysk karpatský (Oxytropis carpatica), chlpánik alpský Ullepitschov (Pilosella alpicola subsp. ullepitschii), skorocel černastý karpatský (Plantago atrata subsp. carpatica), hruštička karpatská (Pyrola carpatica), vŕba Kitaibelova (Salix kitaibeliana), skalnica Wettsteinova pravá (Sempervivum wettsteinii subsp. wettsteinii) dúška ozdobná pravá (Thymus pulcherrimus subsp. pulcherrimus), ďatelina lúčna Kotulova (Trifolium pratense subsp. kotulae), trojštet žltkastý tatranský (Trisetum flavescens subsp. tatricum), trojštet brvitý (Trisetum fuscum), kurička karpatská (Minuartia pauciflora).
Z pankarpatských subendemitov sa v území Tatranského národného parku vyskutujú: prilbica moldavská (Aconitum moldavicum), dvojštítok hladkoplodý uhorský (Biscutella laevigata subsp. austriaca), nevädza mäkká (Centaurea montana subsp. mollis), zubačka žliazkatá (Dentaria glandulosa), očianka tatranská (Euphrasia tatrae), kostrava pestrá pravá (Festuca versicolor), smrekovec opadavý poľský (Larix decidua subsp. polonica), margaréta okrúhlolistá (Leucanthemum waldsteinii), ľan konáristý (Linum extraaxillare), prvosienka dlhokvetá plocholistá (Primula halleri subsp. platyphylla), iskerník pahorský (Ranunculus pseudomontanus), kostihoj srdcovitolistý (Symphytum cordatum).
Z endemitov Západných Karpát sa vyskytujú: zvonček tatranský (Campanula tatrae), bodliak laločnatolistý (Carduus lobulatus), ostrica vždyzelená tatranská (Carex sempervirens subsp. tatrorum), šafran spišský (Crocus discolor), nevädza Triumfettova úzkolistá (Cyanus triumfettii subsp. dominii), klinček včasný pravý (Dianthus praecox subsp. praecox), horček fatranský (Gentianella fatrae), poniklec slovenský (Pulsatilla slavica), soldanelka karpatská (Soldanella carpatica), peniažtek modrastý tatranský (Thlaspi caerulescens subsp. tatraense).
Zo subendemitov Západných Karpát sa v TANAP-e vyskytujú kostrava tatranská (Festuca tatrae), chrastavec Kitaibelov (Knautia kitaibelii), prvosienka holá karpatská (Primula auricula subsp. hungarica), ostrevka tatranská (Sesleria tatrae), dúška ozdobná karpatská (Thymus pulcherrimus subsp. sudeticus).
Medzi endemity centrálnych pohorí Západných Karpát patrí horčičník Wahlenbergov (Erysimum wahlenbergii), horček horký Reussov (Gentianella amarella subsp. reussii), lomikameň pižmový Dominov (Saxifraga moschata var. dominii).
Medzi tatranské endemity patria: voskovka holá tatranská (Cerinthe glabra subsp. tatrica), lyžičník tatranský (Cochlearia tatrae), mak tatranský (Papaver tatricum), pakrálik alpínsky tatranský (Leucanthemopsis alpina subsp. tatrae), lomikameň pižmový Kotulov (Saxifraga moschata var. kotulae), lipnica žulová (Poa granitica), žltuška menšia karpatská (Thalictrum minus subsp. carpaticum), piesočnica brvitá (Arenaria tenella) a ďalšie, najmä druhy v rodoch Alchemilla a Hieracium.
V území TANAP-u rastie niekoľko endemitov, svojim výskytom obmedzených iba na malé časti územia parku. Iba v Červených vrchoch sa vyskytuje očianka bezosťová (Euphrasia exaristata), na Osobitej lipnica osobitá (Poa sejuncta), vo Vysokých Tatrách s centrom rozšírenia v Bielovodskej doline rastie iskerník vysokotatranský (Ranunculus altitatrensis). Z celého územia Tatier je opísaných množstvo malých druhov v rode alchemilka (Alchemilla), iba z územia Belianskych Tatier je ich 19.
Pre Západné Karpaty je charakteristický veľmi malý podiel paleoendemitov („starých“ endemitov), čo je dané zničením pôvodnej flóry jednotlivými ľadovými dobami. Celkovo sa za paleoendemity (a zároveň treťohorné relikty) pokladajú iba 4 druhy, z čoho 3 rastú aj na území TANAP-u: klinček lesklý (Dianthus nitidus) iba veľmi okrajovo v skupine Sivého vrchu, lomikameň trváci (Saxifraga wahlenbergii) má v TANAP-e centrum svojho rozšírenia v rámci svojho areálu, tak isto ako stračonôžka tatranská (Delphinium oxysepalum).
Z glaciálnych reliktov, teda pozostatkov rastlinstva z ľadových dôb, z ktorých v Západných Karpatoch najviac druhov nachádzame práve vo fytogeografickom okrese Tatry, sa iba tu vyskytuje medvedík alpínsky (Arctous alpina), lomikameň ovisnutý (Saxifraga cernua), ostrica čiernohnedá (Carex atrofusca), sitina gaštanová (Juncus castaneus), sitina trojplevová (Juncus triglumis), sibaldka rozprestretá (Sibbaldia procumbens), ostrička myšia (Elyna myosuroides), turička jednoduchá (Kobresia simpliciuscula), iskerník zakoreňujúci (Ranunculus reptans), iskerník trpasličí (Ranunculus pygmaeus), kosatka nízka (Tofieldia pusilla), chudôbka bledožltá (Draba fladnizensis), vudsia alpínska (Woodsia alpina), ježohlav úzkolistý (Sparganium angustifolium), páperec trsnatý (Trichophorum cespitosum). Najviac lokalít má v rámci Slovenska v území dryádka osemlupineková (Dryas octopetala), ostrica barinná (Carex limosa), blatnica močiarna (Scheuchzeria palutris), iba v podhorí Tatier je z územia Západných Karpát známy všivec žezlovitý (Pedicularis sceptrum-carolinum), vzácne sa vyskytuje andromédka sivolistá (Andromeda polifolia) a ďalšie. Medzi glaciálne relikty patria aj druhy, ktoré majú v území viacero lokalít, ale inde u nás nerastú. Ide o pabodliak nízky (Saussurea pygmaea), lomikameň zohnutolistý (Saxifraga retusa) alebo iskerník ľadovcový (Ranunculus glacialis).
Medzi ďalšie veľmi vzácne a významné rastlinné druhy, ktoré sa v území TANAP-u vyskytujú na jednej alebo niekoľko málo lokalitách, patrí trávnička alpínska (Armeria alpina), ostrica černastá (Carex parviflora), skalokráska pyrenejská (Petrocallis pyrenaica), poniklec jarný (Pulsatilla vernalis), vičenec horský (Onobrychis montana) aj z iných pohorí u nás známa fialka alpínska (Viola alpina) a niekoľko ďalších.
