Botanická zahrada ve Wageningenu je poněkud záhadná instituce. Na některých webových stránkách existuje, na jiných se dovíte, že ve městě jsou pouze dvě arboreta. Je tomu tak proto, že v době výstavby centrálních holandských herbářů na určitou dobu zahrada de facto přestala existovat. Skleníky zahrady jsou vymrzlé a nepoužívané a poněkud zpustlo i arboretum, které bylo součástí zahrady. Proti stavbě herbářů se vedla diskuse, ale nakonec o jejich výstavbě bylo rozhodnuto, ustoupila část zahrady se stoletými stromy a některé herbáře z jiných pracovišť v Holandsku budou přestěhovány do Wageningen. Protože hrubá stavba již byla dokončena, přistoupilo se nyní i k rekonstrukci arboreta – obnově cest a travních ploch. Takže lze doufat, že zahradu čeká lepší budoucnost.
Zahrada se nyní rozkládá na dvou arboretech, které leží nedaleko sebe na jižní okraji města. V arboretech jsou soustředěny národní sbírky dřevin z čeledí Rosaceae (především okrasných odrůd jabloní), Caprifoliaceae, jehličnanů a pěnišníků. Je také vedena jako muzejní expozice.
Arboretum de Dreijen leží v těsné blízkosti univerzitních budov, od kterých je však odděleno systémem několika plotů. Nová část arboreta je přístupná od univerzity a nachází se v okolí větší vodní nádrže. Zde je vysázena část kolekce okrasných jabloní, historických růží a poměrně rozsáhlá kolekce zahradních odrůd denivek. Je zde také ukázková zahrada okrasných rostlin.
Původní arboretum leží v okolí budov herbářů. Založeno bylo v roce 1895 zahradním architektem, dendrologem a univerzitním profesorem L. D. Springerem (1855–1949), rozkládá se na ploše 1,5 hektaru. Bylo určeno především pro výuku. Nebylo však koncipováno pouze jako sbírka, ale současně i jako zahrada s ukázkami kompozic krajinářského zahradního slohu. Zahrada byla dokončena v roce 1909. V roce 1918 byla rozšířena o pinetum a později o další tematické zahrady.
Dnes zde můžeme obdivovat vzrostlé exotické dřeviny, mimo jiné například:
Ailanthus altissima ´Aucubifolia´
Cercidiphyllum japonicum
+Crataegomespilus dardarii
Eucomia ulmoides
Firmiana simplex
Fontanesia philliraeoides
Gleditsia aquatica
Gleditsia macrantha
Heptacodium miconioides
Kalopanax pictus
Parrotia persica
Paulownia tomentosa
Photinia × Sorbus
Quercus acutissima
Sophora japonica
×Sorbopyrus auricularis
Stewartia sinensis
Trochodendron araloides
Ulmus glabra ´Exoniensis´
Z větších sbírek je možné dále jmenovat hosty, bylinné pivoňky a odrůdy hortenzie velkolisté.
V padesátých letech bylo jasné, že původní arboretum nestačí. K univerzitě bylo připojeno nedaleko ležící Arboretum Belmonte. Panství Belmonte přešlo v roce 1936 do vlastnictví nadace a v roce 1951 jej koupila univerzita. Od roku 1954 zde začínají první výsadby. V arboretu je soustředěn především sortiment pěnišníků. Zastoupeny jsou ale i další dřeviny, šácholány, skalníky, hlohy, růže, brsleny, kdoulovce, šeříky a jiné. Výsadby jsou doplněné o půdopokryvné trvalky a cibuloviny. Arboretum má přírodně krajinářský charakter s expozicemi věnovanými jednotlivým rodům. Stromy nejsou příliš velké, přesto některé z nich zaujmou:
Acer rubrum ´Armstrong´
Alnus cordata
Alnus glutinosa ´Aurea´
Alnus rubra ´Oberon´
Alnus subcordata
Betula alleghaniensis
Betula lenta
Betula papyrifera commutata
Betula platyphylla mandshurica
Betula platyphylla szechuanica
Betula populifolia
Castanea pumila
Castanea sativa ´Albomarginata´
Castanea sativa ´Asplenifolia´
Catalpa ×erubescens
Cotoneaster ×watereri
Juglans microcarpa
Juglans ×notha
Liquidambar styraciflua
Magnolia soulangiana ´Alexandrina´
Phellodendron japonicum
Pterocarya fraxinifolia
Quercus aliena
Quercus bicolor
Quercus imbricaria
Quercus pontica
Quercus pyrenaica
Robinia pseudacacia ´Umbraculifera´
Sophora japonica
Sorbus rotundifolia
Tilia tomentosa ´Petiolaris´