Ochranou druhů se zabývá Zákon České národní rady o ochraně přírody a krajiny č. 114/1992 Sb. a doplňuje jej Vyhláška MŽP ČR č. 395/1992 Sb., s novelizací pozměňovací vyhlášky 175/2006 Sb. Tyto dokumenty určují zvlášť chráněné druhy rostlin, které jsou ohrožené, vzácné nebo vědecky či kulturně velmi významné. Zde uvedené druhy jsou chráněné ve všech vývojových stádiích, je chráněn i jejich biotop. Je zakázáno tyto rostliny sbírat, trhat, vykopávat, poškozovat, ničit nebo jinak rušit ve vývoji.
Existuje několik úhlů pohledu na samotný výskyt rostlin, a proto existuje i několik odlišných seznamů, které dokumentují jejich ohrožení. Jsou jimi například Červený seznam, Černý seznam, Červená kniha cévnatých rostlin a další. Taxony rostlin v těchto seznamech zařazené se samozřejmě z větší části výběru překrývají, každý seznam však zohledňuje jiné aspekty možného ohrožení a posuzuje vzácnost rostlin podle rozdílných kritérií.
Citovaný Zákon č. 114/1992 Sb. a Příloha II. k vyhlášce MŽP ČR č. 395/1992 Sb. je tedy jedním z takových dokumentů. Zajišťuje obecnou ochranu všech rostlin před jejich zničením (např. sběrem), které by vedlo k ohrožení druhu jako takového (zánik druhu, populace, narušení rozmnožování). Ochrana je všeobecná, ale existuje i detailnější, zaměřená již na konkrétnější ohrožení.
Významné rostlinné druhy a jejich soustředění na místě výskytu jsou chráněny většinou v podobě určitého maloplošného chráněného území, které svým režimem zajišťuje zachování rostlinného druhu. Na mnoho rostlin se však přísná ochrana vztahuje i bez výskytu v chráněném území. U všech uvedených rostlin není ani přípustné záměrné křížení a rozšiřování vzniklých kříženců rostlin do krajiny.
Tato ochrana se nevztahuje na rostliny pocházejí z dovozu, nesmí však být předmětem ochrany podle mezinárodních úmluv (např. CITES).
Důležitým detailem zákona je, že bez prokázání původu je zakázáno zvláště chráněnou rostlinu, zvláště chráněného živočicha nebo rostlinu a živočicha chráněného podle mezinárodních úmluv držet, nabízet k prodeji nebo je zpracovávat. Vývoz zvláště chráněných druhů je zakázán.
Následující seznam obsahuje veškeré zákonem chráněné taxony rostlin České republiky. K jejich bližšímu poznání slouží u řady z nich odkazy do Herbáře webu BOTANY.cz. Seznam můžete porovnat se soupisem veškerých rostlin ČR, odhaduje se, že celkově se u nás vyskytuje zhruba 2550 taxonů původních vyšších rostlin. Chráněných taxonů je celkem 490, což znamená, že zákon chrání téměř 20 procent všech původních druhů rostlin vyskytujících se v ČR.
Bylo odhlédnuto od nomenklatury uvedené ve výše citované Vyhlášce, názvy druhů jsou upraveny podle: KUBÁT K. [ed.] (2002): Klíč ke květeně České republiky. Academia, Praha.
§1 – kriticky ohrožené:
Adenophora liliifolia – zvonovec liliolistý
Agrostis alpina – psineček alpský
Alchemilla fissa – kontryhel rozeklaný
Androsace septentrionalis – pochybek severní
Angelica palustris – matizna bahenní
Aposeris foetida – razilka smrdutá
Arabis nemorensis – huseník luční
Arabis sudetica – huseník sudetský
Arenaria grandiflora – písečnice velkokvětá
Artemisia pancicii – pelyněk Pančičův
Asplenium adiantum-nigrum – sleziník netíkovitý
Asplenium adulterinum – sleziník nepravý
Aster alpinus – hvězdnice alpská
Astragalus arenarius – kozinec písečný
Batrachium baudotii – lakušník trojdílný
Batrachium rionii – lakušník plihý
Botrychium matricariifolium – vratička heřmánkolistá
Botrychium multifidum – vratička mnohoklaná
Buphthalmum salicifolium – volovec vrbolistý
Bupleurum affine – prorostlík prutnatý
Bupleurum tenuissimum – prorostlík nejtenčí
Calamagrostis purpurea – třtina nachová
Calamagrostis stricta – třtina tuhá
Campanula bohemica subsp. gelida – zvonek český jesenický
Campanula rotundifolia subsp. sudetica – zvonek sudetský
Cardamine opizii – řeřišnice Opizova
Cardamine parviflora – řeřišnice malokvětá
Cardamine resedifolia – řeřišnice rýtolistá
Cardaminopsis petraea – řeřišničník skalní
Carex alba – ostřice bílá
Carex atrata – ostřice tmavá
Carex buxbaumii – ostřice Buxbaumova
Carex capillaris – ostřice vláskovitá
Carex dioica – ostřice dvoudomá
Carex hordeistichos – ostřice ječmenovitá
Carex chordorrhiza – ostřice šlahounovitá
Carex rupestris – ostřice skalní
Carex serotina subsp. pseudoscandinavica – ostřice pozdní krkonošská
Carex stenophylla – ostřice úzkolistá
Carex vaginata – ostřice pochvatá
Catabrosa aquatica – odemka vodní
Caulinia minor – řečanečka menší
Centaurea mollis – chrpa měkká
Centaurium littorale – zeměžluč přímořská
Cerastium alsinifolium – rožec hadcový
Cerastium tenoreanum – rožec Tenoreův
Ceratocephala testiculata – rohohlavec rovnorohý
Ceterach officinarum – kyvor lékařský
Cimicifuga europaea – ploštičník evropský
Cirsium brachycephalum – pcháč žlutoostenný
Cladium mariscus – mařice pilovitá
Clematis integrifolia – plamének celolistý
Colobium taraxacoides – pupavík pampeliškový
Conioselinum tataricum – šabřina tatarská
Corrigiola litoralis – drobnokvět pobřežní
Cortusa matthioli subsp. moravica – kruhatka Matthiolova
Crambe tataria – katrán tatarský
Crepis pannonica – škarda panonská
Crepis sibirica – škarda sibiřská
Cruciata pedemontana – svízelka piemontská
Crypsis aculeata – skrytěnka bodlinatá
Cyperus michelianus – šáchor Micheliův
Cystopteris sudetica – puchýřník sudetský
Dactylorhiza maculata – prstnatec plamatý
Dactylorhiza maculata subsp. transsilvanica – prstnatec plamatý sedmihradský
Dactylorhiza traunsteineri – prstnatec Traunsteinerův
Danthonia alpina – plevnatec lesostepní
Daphne cneorum – lýkovec vonný
Dianthus arenarius subsp. bohemicus – hvozdík písečný český
Dianthus carthusianorum subsp. sudeticus – hvozdík kartouzek sudetský
Dianthus moravicus – hvozdík moravský
Diphasiastrum tristachyum – plavuník trojklasý
Dracocephalum austriacum – včelník rakouský
Drosera anglica – rosnatka anglická
Drosera intermedia – rosnatka prostřední
Dryopteris cristata – kapraď hřebenitá
Echium maculatum – hadinec červený
Elatine alsinastrum – úpor přeslenitý
Epipactis leptochila – kruštík ostrokvětý
Epipogium aphyllum – sklenobýl bezlistý
Equisetum variegatum – přeslička různobarvá
Eriophorum gracile – suchopýr štíhlý
Eryngium planum – máčka plocholistá
Erythronium dens-canis – kandík psí zub
Euphorbia lucida – pryšec lesklý
Euphorbia salicifolia – pryšec vrbolistý
Euphrasia slovaca – světlík slovenský
Festuca amethystina – kostřava ametystová
Festuca drymeia – kostřava horská
Filago lutescens – bělolist žlutavý
Galium sudeticum – svízel sudetský
Gentiana punctata – hořec tečkovaný
Gentiana verna – hořec jarní
Gentianella obtusifolia subsp. sturmiana – hořeček drsný Sturmův
Gentianella praecox subsp. bohemica – hořeček český
Gentianella campestris – hořeček ladní
Geranium lucidum – kakost lesklý
Gladiolus palustris – mečík bahenní
Glaux maritima – sivěnka přímořská
Goodyera repens – smrkovník plazivý
Groenlandia densa – rdestice hustolistá
Gymnadenia densiflora – pětiprstka hustokvětá
Hammarbya paludosa – měkkyně bahenní
Hedysarum hedysaroides – kopyšník tmavý
Heleochloa alopecuroides – bahenka psárkovitá
Heleochloa schoenoides – bahenka šášinovitá
Helianthemum grandiflorum subsp. grandiflorum – devaterník velkokvětý pravý
Helianthemum rupifragum – devaterník skalní
Helictotrichon desertorum – ovsíř stepní
Herminium monorchis – toříček jednohlízný
Hieracium villosum – jestřábník huňatý
Hierochloe odorata – tomkovice vonná
Himantoglossum adriaticum – jazýček jadranský
Hippuris vulgaris – prustka obecná
Hypochoeris glabra – prasetník lysý
Chamaecytisus albus – čilimník bílý
Chimaphila umbellata – zimozelen okolíkatý
Illecebrum verticillatum – nehtovec přeslenitý
Iris humilis subsp. arenaria – kosatec skalní písečný
Isoetes echinospora – šídlatka ostnovýtrusá
Isoetes lacustris – šídlatka jezerní
Juncus atratus – sítina tmavá
Juncus capitatus – sítina hlavatá
Juncus sphaerocarpus – sítina kulatoplodá
Juncus subnodulosus – sítina slatinná
Juncus tenageia – sítina rybniční
Jurinea cyanoides – sinokvět chrpovitý
Knautia arvensis subsp. pseudolongifolia – chrastavec rolní krkonošský
Kochia prostrata – bytel rozprostřený
Laser trilobum – timoj trojlaločný
Laserpitium archangelica – hladýš andělikový
Lathyrus palustris – hrachor bahenní
Lathyrus pannonicus – hrachor panonský
Lathyrus pisiformis – hrachor hrachovitý
Leucojum aestivum – bledule letní
Ligularia sibirica – popelivka sibiřská
Limodorum abortivum – hnědenec zvrhlý
Lindernia procumbens – puštička rozprostřená
Linum hirsutum – len chlupatý
Liparis loeselii – hlízovec Loeselův
Listera cordata – bradáček srdčitý
Littorella uniflora – pobřežnice jednokvětá
Luzula spicata – bika klasnatá
Lycopodioides helveticum – vranečkovec švýcarský
Malaxis monophyllos – měkčilka jednolistá
Mentha pulegium – polej obecná
Mercurialis ovata – bažanka vejčitá
Minuartia gerardii – kuřička Gerardova
Minuartia verna – kuřička jarní
Montia fontana – zdrojovka prameništní
Myosotis stenophylla – pomněnka úzkolistá
Myricaria germanica – židoviník německý
Nasturtium microphyllum – potočnice drobnolistá
Notholaena marantae – podmrvka hadcová
Nuphar pumila – stulík malý
Nymphoides peltata – plavín štítnatý
Onosma arenaria – ruměnice písečná
Ophrys apifera – tořič včelonosný
Ophrys holoserica subsp. holubyana – tořič čmelákovitý Holubyho
Ophrys insectifera – tořič hmyzonosný
Orchis palustris – vstavač bahenní
Orchis tridentata – vstavač trojzubý
Ornithogalum pyrenaicum subsp. sphaerocarpum – snědek kulatoplodý
Pedicularis exaltata – všivec statný
Pedicularis sceptrum-carolinum – všivec žezlovitý
Pedicularis sudetica – všivec krkonošský
Peucedanum carvifolia – smldník kmínolistý
Phyllitis scolopendrium – jazyk jelení
Pilosella macrantha – chlupáček velkoúborný
Pinguicula bohemica – tučnice česká
Plantago atrata subsp. sudetica – jitrocel černavý sudetský
Plantago maritima – jitrocel přímořský
Poa alpina – lipnice alpská
Poa riphaea – lipnice jesenická
Polygala serpyllifolia – vítod douškolistý
Polystichum lonchitis – kapradina hrálovitá
Potamogeton friesii – rdest hrotitý
Potamogeton praelongus – rdest dlouholistý
Potentilla crantzii – mochna Crantzova
Potentilla micrantha – mochna drobnokvětá
Potentilla patula – mochna rozkladitá
Potentilla sterilis – mochna jahodníkovitá
Prunus tenella – mandloň nízká
Pseudolysimachion spurium subsp. foliosum – rozrazil pochybný
Pulsatilla patens – koniklec otevřený
Pulsatilla vernalis – koniklec jarní
Pyrola media – hruštička prostřední
Reseda phyteuma – rýt velkokališní
Rhodiola rosea – rozchodnice růžová
Rhynchospora alba – hrotnosemenka bílá
Rhynchospora fusca – hrotnosemenka hnědá
Salix bicolor – vrba dvoubarvá
Salix herbacea – vrba bylinná
Salix lapponum – vrba laponská
Salix myrsinifolia – vrba černající
Salix myrtilloides – vrba borůvkovitá
Salvia aethiopis – šalvěj vlnatá
Salvinia natans – nepukalka plovoucí
Samolus valerandi – solenka Valerandova
Scorzonera parviflora – hadí mord maloúborný
Scrophularia vernalis – krtičník jarní
Sedum villosum – rozchodník pýřitý
Senecio doria – starček zlatý
Senecio paludosus – starček bažinný
Senecio rupestris – starček skalní
Serratula lycopifolia – srpice karbincolistá
Sesleria uliginosa – pěchava slatinná
Scheuchzeria palustris – blatnice bahenní
Schoenus ferrugineus – šášina rezavá
Schoenus nigricans – šášina načernalá
Sorbus bohemica – jeřáb český
Sorbus sudetica – jeřáb krkonošský
Sparganium angustifolium – zevar úzkolistý
Spergula pentandra – kolenec pětimužný
Spergularia maritima – kuřinka obroubená
Spergularia salina – kuřinka solná
Spiranthes spiralis – švihlík krutiklas
Stipa borysthenica – kavyl písečný
Stipa glabrata – kavyl olysalý
Suaeda pannonica – solnička panonská
Taraxacum bessarabicum – pampeliška besarabská
Taraxacum serotinum – pampeliška pozdní
Tephroseris aurantiaca – starček oranžový
Tephroseris longifolia – starček dlouholistý
Thalictrum simplex – žluťucha jednoduchá
Thesium dollineri – lněnka rolní
Thesium ebracteatum – lněnka bezlistenná
Thesium rostratum – lněnka zobánkatá
Thymus carpaticus – mateřídouška karpatská
Tillaea aquatica – masnice vodní
Tofieldia calyculata – kohátka kalíškatá
Tordylium maximum – zapalička veliká
Trapa natans – kotvice plovoucí
Triglochin maritima – bařička přímořská
Trigonella monspeliaca – pískavice provensálská
Tripolium pannonicum – hvězdnička panonská
Utricularia bremii – bublinatka vícekvětá
Utricularia ochroleuca – bublinatka bledožlutá
Utricularia vulgaris – bublinatka obecná
Veratrum nigrum – kýchavice černá
Verbascum speciosum – divizna ozdobná
Veronica bellidioides – rozrazil chudobkovitý
Veronica scardica – rozrazil slanistý
Vicia oreophila – vikev horomilná
Viola alba – violka bílá
Viola elatior – violka vyšší
Viola kitaibeliana – violka nejmenší
§2 – silně ohrožené:
Aconitum anthora – oměj jedhoj
Aconitum firmum subsp. moravicum – oměj tuhý
Ajuga pyramidalis – zběhovec jehlancovitý
Alcea biennis – topolovka bledá
Allium angulosum – česnek hranatý
Allium strictum – česnek tuhý
Anacamptis pyramidalis – rudohlávek jehlancovitý
Anemone narcissiflora – sasanka narcisokvětá
Arctostaphylos uva-ursi – medvědice lékařská
Asplenium cuneifolium – sleziník hadcový
Astragalus austriacus – kozinec rakouský
Astragalus exscapus – kozinec bezlodyžný
Betula nana – bříza trpasličí
Calamagrostis pseudophragmites – třtina pobřežní
Calamagrostis varia – třtina pestrá
Callitriche hermaphroditica – hvězdoš podzimní
Campanula barbata – zvonek vousatý
Campanula cervicaria – zvonek hadincovitý
Carex hostiana – ostřice lemovaná
Carex lasiocarpa – ostřice plstnatoplodá
Carex lepidocarpa – ostřice šupinoplodá
Carex limosa – ostřice mokřadní
Carex melanostachya – ostřice černoklasá
Carex ornithopoda – ostřice ptačí nožka
Carex paupercula – ostřice chudá
Carex secalina – ostřice žitná
Centaurea montana – chrpa horská
Cephalanthera rubra – okrotice červená
Ceratophyllum submersum – růžkatec potopený
Cleistogenes serotina – dvouřadec pozdní
Coeloglossum viride – vemeníček zelený
Corallorhiza trifida – korálice trojklaná
Coronilla vaginalis – čičorka pochvatá
Crocus albiflorus – šafrán bělokvětý
Crocus heuffelianus – šafrán karpatský
Cryptogramma crispa – jinořadec kadeřavý
Cypripedium calceolus – střevíčník pantoflíček
Dactylorhiza incarnata – prstnatec pleťový
Dactylorhiza sambucina – prstnatec bezový
Delphinium elatum – stračka vyvýšená
Dianthus carthusianorum subsp. capillifrons – hvozdík kartouzek úzkolistý
Dianthus gratianopolitanus – hvozdík sivý
Dianthus lumnitzeri – hvozdík Lumnitzerův
Dianthus superbus subsp. alpestris – hvozdík pyšný alpínský
Dianthus superbus subsp. superbus – hvozdík pyšný pravý
Diphasiastrum alpinum – plavuník alpský
Diphasiastrum issleri – plavuník Isslerův
Draba muralis – chudina zední
Drosera rotundifolia – rosnatka okrouhlolistá
Eleocharis quinqueflora – bahnička chudokvětá
Empetrum nigrum – šicha černá
Epipactis albensis – kruštík polabský
Epipactis microphylla – kruštík drobnolistý
Epipactis muelleri – kruštík růžkatý
Epipactis palustris – kruštík bahenní
Equisetum hyemale – přeslička zimní
Euphorbia angulata – pryšec hranatý
Euphorbia palustris – pryšec bahenní
Festuca versicolor – kostřava peřestá
Fumana procumbens – devaterka rozprostřená
Gagea bohemica – křivatec český
Gentiana pannonica – hořec šumavský
Gentiana pneumonanthe – hořec hořepník
Gentianella amarella – hořeček nahořklý
Gentianella lutescens – hořeček žlutavý
Gladiolus imbricatus – mečík střechovitý
Gratiola officinalis – konitrud lékařský
Gypsophila fastigiata – šater svazčitý
Gypsophila paniculata – šater latnatý
Helichrysum arenarium – smil písečný
Hieracium alpinum – jestřábník alpský agg.
Hypericum elegans – třezalka sličná
Inula germanica – oman německý
Iris aphylla – kosatec bezlistý
Iris graminea – kosatec trávovitý
Iris pumila – kosatec nízký
Iris sibirica – kosatec sibiřský
Iris variegata – kosatec pestrý
Juncus gerardii – sítina slanisková
Juniperus communis subsp. alpina – jalovec obecný nízký
Jurinea mollis – sinokvět měkký
Laserpitium prutenicum – hladýš pruský
Lathyrus heterophyllus – hrachor různolistý
Lilium bulbiferum – lilie cibulkonosná
Lycopodiella inundata – plavuňka zaplavovaná
Lysimachia thyrsiflora – vrbina kytkokvětá
Moneses uniflora – jednokvítek velekvětý
Montia hallii – zdrojovka pobřežní
Nasturtium officinale – potočnice lékařská
Nymphaea alba – leknín bílý
Nymphaea candida – leknín bělostný
Orchis mascula – vstavač mužský
Orchis militaris – vstavač vojenský
Orchis morio – vstavač kukačka
Orchis pallens – vstavač bledý
Orchis purpurea – vstavač nachový
Orchis ustulata – vstavač osmahlý
Orobanche reticulata – záraza síťnatá
Pedicularis palustris – všivec bahenní
Pedicularis sylvatica – všivec mokřadní
Phyteuma orbiculare – zvonečník hlavatý pravý
Phyteuma orbiculare subsp. montanum – zvonečník hlavatý
Pinguicula vulgaris – tučnice obecná
Poa laxa – lipnice plihá
Polystichum braunii – kapradina plevinatá
Potamogeton alpinus – rdest alpský
Primula minima – prvosenka nejmenší
Pseudorchis albida – běloprstka bělavá
Pulsatilla grandis – koniklec velkokvětý
Pulsatilla pratensis subsp. bohemica – koniklec luční český
Ranunculus illyricus – pryskyřník ilyrský
Ranunculus lingua – pryskyřník veliký
Rubus chamaemorus – ostružiník moruška
Sagina nodosa – úrazník uzlovitý
Salix appendiculata – vrba velkolistá
Saxifraga decipiens – lomikámen růžicovitý
Saxifraga oppositifolia – lomikámen vstřícnolistý
Saxifraga paniculata – lomikámen latnatý
Saxifraga tridactylites – lomikámen trojprstý
Scilla drunensis – ladoňka rakouská
Scilla kladnii – ladoňka karpatská
Scilla vindobonensis – ladoňka vídeňská
Scutellaria hastifolia – šišák hrálolistý
Selaginella selaginoides – vraneček brvitý
Senecio erucifolius – starček roketolistý
Senecio sarracenicus – starček poříční
Seseli varium – sesel pestrý
Sparganium natans – zevar nejmenší
Stipa dasyphylla – kavyl chlupatý
Stipa pulcherrima – kavyl sličný
Stipa smirnovii – kavyl Smirnovův
Stipa tirsa – kavyl tenkolistý
Stratiotes aloides – řezan pilolistý
Swertia perennis – kropenáč vytrvalý
Taxus baccata – tis červený
Tephroseris integrifolia – starček celolistý
Teucrium montanum – ožanka horská
Teucrium scordium – ožanka čpavá
Thalictrum flavum – žluťucha slatinná
Traunsteinera globosa – hlavinka horská
Trichophorum alpinum – suchopýrek alpský
Utricularia intermedia – bublinatka prostřední
Viola ambigua – violka obojaká
Viola lutea subsp. sudetica – violka žlutá
Viola pumila – violka nízká
Viola stagnina – violka slatinná
Woodsia ilvensis – kapradinka skalní
§3 – ohrožené:
Aconitum lycoctonum – oměj vlčí
Aconitum plicatum – oměj šalamounek
Aconitum variegatum – oměj pestrý
Adonis vernalis – hlaváček jarní
Allium victorialis – česnek hadí
Andromeda polifolia – kyhanka sivolistá
Anemone sylvestris – sasanka lesní
Anthericum liliago – bělozářka liliovitá
Armeria vulgaris subsp. serpentini – trávnička obecná hadcová
Arnica montana – prha arnika
Arum maculatum – árón plamatý
Aster amellus – hvězdnice chlumní
Astragalus danicus – kozinec dánský
Astragalus onobrychis – kozinec vičencovitý
Aurinia saxatilis – tařice skalní
Biscutella varia – dvojštítek měnlivý
Botrychium lunaria – vratička měsíční
Calla palustris – ďáblík bahenní
Campanula bononiensis – zvonek boloňský
Campanula sibirica – zvonek sibiřský
Carex davalliana – ostřice Davallova
Carex pediformis – ostřice tlapkatá
Carex pulicaris – ostřice blešní
Centaurea triumfettii – chrpa chlumní
Cephalanthera damasonium – okrotice bílá
Cephalanthera longifolia – okrotice dlouholistá
Clematis recta – plamének přímý
Cornus mas – dřín obecný
Cyclamen purpurascens – brambořík nachový
Dactylorhiza fuchsii – prstnatec Fuchsův
Dactylorhiza majalis – prstnatec májový
Dianthus sylvaticus – hvozdík lesní
Dictamnus albus – třemdava bílá
Diphasiastrum complanatum – plavuník zploštělý
Diphasiastrum zeilleri – plavuník Zeilerův
Doronicum austriacum – kamzičník rakouský
Empetrum hermaphroditum – šicha oboupohlavná
Epipactis atrorubens – kruštík tmavočervený
Epipactis purpurata – kruštík modrofialový
Equisetum ramosissimum – přeslička větevnatá
Erica carnea – vřesovec pleťový
Euphorbia villosa – pryšec huňatý
Galanthus nivalis – sněženka předjarní
Galatella linosyris – hvězdnice zlatovlásek
Genista sagittalis – kručinka křídlatá
Gentiana asclepiadea – hořec tolitovitý
Gentiana cruciata – hořec křížatý
Globularia bisnagarica – koulenka prodloužená
Gymnadenia conopsea – pětiprstka žežulník
Hottonia palustris – žebratka bahenní
Huperzia selago – vranec jedlový
Hydrocotyle vulgaris – pupečník obecný
Inula oculus-christi – oman oko Kristovo
Ledum palustre – rojovník bahenní
Leucojum vernum – bledule jarní
Ligusticum mutellina – koprníček bezobalný
Lilium martagon – lilie zlatohlávek
Linum flavum – len žlutý
Linum tenuifolium – len tenkolistý
Lunaria rediviva – měsíčnice vytrvalá
Lycopodium annotinum – plavuň pučivá
Matteuccia struthiopteris – pérovník pštrosí
Melampyrum bohemicum – černýš český
Melittis melissophyllum – medovník velkokvětý
Menyanthes trifoliata – vachta trojlistá
Meum athamanticum – koprník štětinolistý
Muscari tenuiflorum – modřenec tenkokvětý
Ophioglossum vulgatum – hadilka obecná
Oxycoccus palustris – klikva bahenní
Parnassia palustris – tolije bahenní
Platanthera bifolia – vemeník dvoulistý
Platanthera chlorantha – vemeník zelenavý
Polygala chamaebuxus – zimostrázek nízký
Potentilla collina subsp. lindackeri – mochna chlumní středočeská
Potentilla parviflora subsp. thuringiaca – mochna zlatokvětá duryňská
Potentilla rupestris – mochna skalní
Pulsatilla alpina subsp. austriaca – koniklec alpinský bílý
Quercus pubescens – dub pýřitý (šípák)
Salix repens – vrba plazivá
Saxifraga bulbifera – lomikámen cibulkatý
Scorzonera purpurea – hadí mord nachový
Soldanella montana – dřípatka horská
Stipa pennata – kavyl Ivanův
Symphytum bohemicum – kostival český
Taraxacum palustre – pampeliška bahenní
Thalictrum foetidum – žluťucha smrdutá
Thelypteris palustris – kapradiník bažinný
Trollius altissimus – upolín nejvyšší
Veratrum album subsp. album – kýchavice bílá
Verbascum phoeniceum – divizna brunátná
Willemetia stipitata – pleška stopkatá
NOVELIZACE podle pozměňovací vyhlášky 175/2006 Sb.:
Za silně ohrožené druhy byly prohlášeny:
aldrovandka měchýřkatá – Aldrovanda vesiculosa
kuřička hadcová – Minuartia smejkalii
puchýřka útlá – Coleanthus subtilis
vláskatec tajemný – Trichomanes speciosum
zvonek český – Campanula bohemica
žabníček vzplývavý – Luronium natans